没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
SPOTlight_deconvolution_analysis
共33个文件
rmd:23个
r:7个
html:1个
需积分: 9 0 下载量 25 浏览量
2021-05-25
16:22:03
上传
评论 1
收藏 23.14MB ZIP 举报
温馨提示
SPOTlight:带单细胞转录组的种子NMF回归解卷积空间转录组学斑点 该存储库包含所有脚本笔记本和报告,以重现对本文SPOTlight的分析:将NMF回归到具有单细胞转录组的去卷积空间转录组学点。 在这里,我们描述了我们使用的数据,如何访问它,使用的最重要的软件包和版本以及如何浏览该存储库中的目录和文件。 数据 该研究使用的所有数据均可在Gene Expression Omnibus或相关网站上公开获得。 该项目中的数据可以按组织和模态进行划分。 鼠脑 :从艾伦脑图下载,包含76,533个细胞。 有关如何生成数据的规范,请参见。 :从10X网站下载,包括成年小鼠的2个前部和2个后部切片。 数模转换器 :PDAC scRNAseq和ST数据是从该论文获得的。。 可以通过GSM3036909,GSM3036910,GSM3405527,GSM3405528和PDAC-B GSM34
资源推荐
资源详情
资源评论
收起资源包目录
SPOTlight_deconvolution_analysis-master.zip (33个子文件)
SPOTlight_deconvolution_analysis-master
utils
spatial_plot_spaniel.R 1KB
bin.r 39KB
analysis
pancreas_PDAC
1a-PDAC_paired_deconvolution.Rmd 23KB
1b-PDAC_immune_deconvolution.Rmd 6KB
2a-PDAC_suppl_paired.Rmd 29KB
3b-PDAC_piecharts_immune.Rmd 9KB
3a-PDAC_piecharts_paired.Rmd 12KB
4-PDAC_GSM3036911_stratification.Rmd 33KB
2b-PDAC_immune_suppl.Rmd 28KB
5-PDAC_immune_network.Rmd 6KB
0-inDrop_itai_annotation.Rmd 9KB
parameter_benchmarking
min_cont_job.R 5KB
multiple_tech_nmf_job.R 5KB
downsample_v3_nmf_job.R 3KB
cl_n_nmf_job.R 2KB
hvg_nmf_job.R 2KB
mouse_brain
5-allen_70k_tsne.Rmd 3KB
3-allen_70k_supplementary.Rmd 13KB
2-allen_70k_main_plots.Rmd 36KB
1-allen_70k_train_deconv.Rmd 11KB
4-allen_70k_replicates.Rmd 14KB
tool_benchmarking
CIBERSORTx_deconvolution.Rmd 8KB
SCDC_deconvolution.Rmd 3KB
SPOTlight_deconvolution.Rmd 4KB
deconRNAseq_deconvolution.Rmd 3KB
tool_benchmark.html 2.07MB
common_synthetic_spots.Rmd 4KB
RCTD_deconvolution.Rmd 6KB
tool_benchmark.Rmd 11KB
se_quartz.RDS 21.92MB
SPOTlight-CoGAPS_deconvolution.Rmd 9KB
MuSiC_deconvolution.Rmd 3KB
README.md 4KB
共 33 条
- 1
资源评论
两只妖精同上树
- 粉丝: 30
- 资源: 4747
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功