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SPOTlight:空间转录组学捕获位置反卷积
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2021-04-29
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SPOTlight的目标是提供一种工具,该工具能够对包含捕获细胞混合物的每个捕获位置中存在的细胞类型和细胞类型比例进行反卷积,该技术最初是为10X的Visium开发的-空间分子切割技术-可以用于返回混合物的所有技术细胞。 SPOTlight基于NMFreg模型为每种细胞类型找到主题资料签名,并找到最适合我们要去卷积的斑点的组合。 安装 您可以使用以下命令从GitHub存储库安装最新的稳定版本: # install.packages("devtools") devtools :: install_github( " https://github.com/MarcElosua/SPOTlight " ) devtools :: install_git( " https://github.com/MarcElosua/SPOTlight " ) 或通过下载devel分支来开发最新版本 dev
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SPOTlight-master.zip (84个子文件)
SPOTlight-master
SpatialDeconTest.Rproj 356B
docker
docker_rstudio
Dockerfile 2KB
docker_renv
Dockerfile 2KB
index.html 24.91MB
NAMESPACE 583B
sample_data
allen_cortex_dwn.rds 84.7MB
markers_anterior.RDS 62KB
spatial
tissue_lowres_image.png 457KB
spotlight_ls_anterior.RDS 487KB
DESCRIPTION 1KB
img
QC_plot_pbmc_2019-11-26.pdf 316KB
graph_network.png 422KB
Feat_plot_CC.png 129KB
Feat_plot_CC.pdf 1.29MB
topic_profile_profile_brain.png 127KB
QC_plots_comb.pdf 450KB
topic_profile_brain_annotated.png 87KB
QC_plots_comp.pdf 4KB
SPOTlight_scheme.pdf 394KB
QC_plots_comb.png 187KB
graph_network_new.png 337KB
SPOTlight_VF2.png 157KB
graphical_abstract_deconvolution.png 150KB
topic_visualization.png 2.08MB
UMAP_demuxlet.pdf 228KB
spatial_spots_brain.png 1MB
SPOTlight_scheme.png 1.48MB
SPOTlight_graphical_abstract.png 316KB
pie_charts_1.png 121KB
UMAP_demuxlet.png 105KB
pie_charts_2.png 121KB
inst
WORDLIST 52B
allen_cortex_dwn.rds 84.7MB
markers_anterior.RDS 62KB
spatial
tissue_lowres_image.png 457KB
spotlight_ls_anterior.RDS 487KB
R
topic_profile_per_cluster_nmf_fun.R 1KB
scatterpie_plot_fun.R 4KB
dot_plot_profiles_fun.R 4KB
coloc_heatmap_fun.R 3KB
test_spot_fun.R 5KB
prep_seobj_topic_fun.R 772B
spatial_decon_syn_assessment_nmf_fun.R 6KB
test_synthetic_performance_fun.R 4KB
mixture_deconvolution_nmf_fun.R 3KB
plot_image_fun.R 2KB
seed_init_mtrx_nmf_fun.R 3KB
cut_markers2_fun.R 2KB
downsample_se_obj_fun.R 3KB
get_spatial_interaction_graph_fun.R 2KB
predict_spatial_mixtures_nmf_fun.R 3KB
train_nmf.R 6KB
spotlight_deconvolution.R 4KB
spatial_scatterpie_fun.R 5KB
LICENSE 47B
LICENSE.md 1KB
README.md 2KB
man
spatial_decon_syn_assessment_nmf_fun.Rd 2KB
figures
README-unnamed-chunk-10-2.png 280KB
README-unnamed-chunk-10-1.png 40KB
README-unnamed-chunk-16-1.png 246KB
README-unnamed-chunk-18-1.png 257KB
README-unnamed-chunk-22-1.png 54KB
README-unnamed-chunk-17-1.png 276KB
README-unnamed-chunk-20-1.png 75KB
get_spatial_interaction_graph.Rd 553B
spotlight_deconvolution.Rd 3KB
seed_init_mtrx_nmf.Rd 824B
plot_image.Rd 663B
dot_plot_profiles_fun.Rd 938B
downsample_se_obj.Rd 1KB
prep_seobj_topic_fun.Rd 609B
test_synthetic_performance.Rd 1KB
test_spot_fun.Rd 893B
scatterpie_plot.Rd 2KB
cut_markers2.Rd 619B
mixture_deconvolution_nmf.Rd 1KB
spatial_scatterpie.Rd 2KB
topic_profile_per_cluster_nmf.Rd 947B
train_nmf.Rd 2KB
predict_spatial_mixtures_nmf.Rd 1KB
get_colocalization_heatmap.Rd 626B
_config.yml 27B
README.Rmd 14KB
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