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PLINK.jl:Julia模块处理PLINK BED文件
共37个文件
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bim:2个
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2021-05-02
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PLINK.jl 在Julia中处理模块。 该软件包为PLINK .bed文件提供了解压缩和压缩例程。压缩的基因型矩阵x存储为一串Int8组件,其中每个8位整数最多存储四个基因型。 PLINK.jl还提供了线性代数例程,可实时解压缩x ,包括x * y和x' * y 。 未来的发展将针对。 下载 在Julia提示符下,键入 Pkg.clone("https://github.com/klkeys/PLINK.jl") 基本用途 PLINK.jl的核心是BEDFile对象: immutable BEDFile{T <: Float, V <: SharedMatrix} geno :: GenoMatrix covar :: CovariateMatrix{T, V} means :: SharedVector{T} precs :: SharedVe
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PLINK_jl-master.zip (37个子文件)
PLINK.jl-master
.travis.yml 344B
data
test.log 2KB
means.bin 128KB
test.bim 30B
x_test.bim 494KB
test.ped 138B
x_test.bed 28.61MB
test_t.bed 9B
covfile.txt 10KB
test.fam 72B
precs.bin 128KB
test.map 23B
x_test.fam 86KB
generate_test_data.jl 821B
test.bed 7B
xt_test.bed 28.61MB
test
PLINK_tests.jl 4KB
src
linalg.jl 32KB
gpu.jl 9KB
bedfile.jl 10KB
PLINK.jl 4KB
genomatrix.jl 6KB
covariate.jl 3KB
kernels
iht_kernels32.cl 5KB
iht_kernels64.cl 5KB
data.jl 5KB
compression.jl 2KB
decompression.jl 8KB
LICENSE.md 1KB
.gitignore 28B
REQUIRE 57B
README.md 7KB
utils
README.txt 281B
plink_data.cpp 17KB
plink_data.hpp 1KB
plink_data 1.25MB
compile.sh 46B
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黄荣钦
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