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SpikeIns2016:Aaron的即插即用手稿的代码和手稿文件
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2021-05-16
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评估scRNA-seq数据加标的可靠性 概述 该库为论文提供了代码,评估了对单细胞RNA测序数据进行分析时加标归一化的可靠性 。 重复真实数据分析 运行download.sh以从ArrayExpress(E-MTAB-5522)下载计数矩阵,将其解压缩并将其移至相关目录。 这还将下载描述所有样本注释的SDRF文件。 使用R CMD INSTALL --preclean package (或R CMD INSTALL --preclean package的等效命令)安装package/ 。 上次使用R版本3.4。*和Bioconductor版本3.6进行了测试。 输入real并按照以下说明进行操作: 输入Calero/trial_20160113/并运行run_me.sh 。 这将产生一个Markdown文档,其中包含方差估计以及一些序列化的R对象,以便在必要时进行进一步检查。 对
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SpikeIns2016-master.zip (89个子文件)
SpikeIns2016-master
sequences
annotation
.gitignore 6B
README.md 508B
cross_align
submitter.sh 2KB
mapcheck.py 5KB
readmaker.py 3KB
comments.txt 2KB
genomes
.gitignore 41B
README.md 1KB
biophysical
check_biophys.R 2KB
simulations
variance
varsim.Rout.save 10KB
varsim.R 6KB
pics
picmaker.R 4KB
get_properties.R 3KB
clustering
clustsim.R 10KB
sampling
resampler.R 2KB
sizevar.R 2KB
.gitignore 193B
diffexp
desim.Rout.save 11KB
desim.R 7KB
datasets
download.sh 1KB
prerunner.R 8KB
.gitignore 672B
README.md 3KB
bsub.sh 392B
download.sh 889B
submissions
revision_20170626
main_maker.sh 714B
biorxiv_20170323
preamble.tex 5KB
main_maker.sh 703B
revision_20170823
main_maker.sh 714B
manuscript
prickle.tex 70KB
pics
plate_setup.svg 269KB
explanation.svg 209KB
comments.Rmd 4KB
refnorm.bib 17KB
Makefile 693B
supplement.tex 38KB
package
man
estimateVariance.Rd 2KB
setupSpikes.Rd 1KB
testVariance.Rd 2KB
decomposeVariance.Rd 2KB
diagnoseVariance.Rd 2KB
spikeParam.Rd 1KB
resampleSpikes.Rd 2KB
NAMESPACE 156B
R
diagnoseVariance.R 1KB
decomposeVariance.R 2KB
setupSpikes.R 1KB
testVariance.R 758B
estimateVariance.R 856B
spikeParam.R 754B
resampleSpikes.R 2KB
DESCRIPTION 493B
real
Calero
trial_20160113
analysis
techanal.Rmd 25B
run_me.sh 74B
count_me.sh 365B
count_me.R 2KB
mover.sh 235B
mapme.sh 128B
techanal_Calero.Rmd 12KB
trial_20160325
analysis
techanal.Rmd 25B
run_me.sh 74B
count_me.sh 365B
count_me.R 2KB
mover.sh 235B
mapme.sh 128B
depth
runner.R 6KB
make_pics.R 15KB
ArrayExpress
Annotator_Liora.R 5KB
Experiment.R 11KB
.gitignore 43B
Annotator_Calero.R 4KB
.gitignore 102B
run_all.sh 213B
index_swapping
check_swap.R 2KB
Liora
techanal_Liora.Rmd 13KB
test_20170201
dumpme.sh 93B
analysis
techanal.Rmd 24B
run_me.sh 74B
count_me.sh 338B
count_me.R 2KB
mover.sh 235B
mapme.sh 121B
test_20160906
dumpme.sh 93B
analysis
techanal.Rmd 24B
run_me.sh 74B
count_me.sh 338B
count_me.R 2KB
mover.sh 120B
mapme.sh 121B
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张A裕
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