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workflows:UMCCR生产工作流程
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工作流程 UMCCR生产工作流程 [目录] 预处理工作流程 bcl2fastq bcl QC,互操作性统计 指向Google-LIMS配置的指针 bcbio的主要WGS处理工作流程 bcbio简介 bcbio默认hg38配置 bcbio YAML配置并遵循标准bcbio准则。 以下文档根据需要引用了配置。 整理样品 TBA(样品合并,充值处理,覆盖率目标) 对齐准备 用atropos修剪读段:删除两个读对( -A )3'端( -a )的polyX序列; 还启用了NextSeq polyG过滤( --nextseq-trim ),以达到良好的效果。 删除低质量的碱基(截止质量为5),现在下降的读数短于25个碱基。 有关更多详细信息和总体动机,请参见。 用管道bgzip到bgzip FASTQ文件中,并使用grabix索引。 # Poly-G filtering t
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workflows:UMCCR生产工作流程 (170个子文件)
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