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hpp_production_workflows:用于装配QC流程的WDL和Dockerfile
共61个文件
wdl:24个
dockerfile:11个
makefile:11个
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2021-02-10
06:04:05
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HPP生产流程 该存储库保存了使用的生产工作流的WDL工作流和Docker构建脚本。 开发中 当前,此存储库正在开发中。 四个质量控制工作流程具有以下实现: BUSCO Quast Dipcall Merqury
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hpp_production_workflows-master.zip (61个子文件)
hpp_production_workflows-master
.gitignore 30B
assembly
wdl
workflows
trio_hifiasm_assembly.wdl 4KB
trio_hifiasm_assembly_yak_input.wdl 3KB
tasks
gfatools.wdl 2KB
hifiasm.wdl 6KB
filter_hifi_adapter.wdl 2KB
tar.wdl 1KB
yak_no_stats.wdl 1KB
README.md 783B
docker
filter_hifi_adapter
Dockerfile 941B
Makefile 147B
HiFiAdapterFilt
hifiasm
Dockerfile 963B
Makefile 127B
README.md 332B
QC
wdl
workflows
full_qc.wdl 3KB
standard_qc_no_qv.wdl 5KB
standard_qc.wdl 6KB
standard_qc_haploid.wdl 4KB
tasks
extract_reads.wdl 3KB
arithmetic.wdl 667B
dipcall.wdl 3KB
quast.wdl 2KB
busco.wdl 3KB
yak.wdl 7KB
yak_no_qv.wdl 6KB
read_stats.wdl 8KB
meryl.wdl 10KB
mash.wdl 9KB
merqury.wdl 3KB
asmgene.wdl 2KB
shard_reads.wdl 2KB
docker
merqury
Dockerfile 1KB
Makefile 422B
docker_base
Dockerfile 3KB
Makefile 420B
minimap2
Dockerfile 626B
Makefile 423B
mash
Dockerfile 2KB
Makefile 419B
yak
Dockerfile 271B
Makefile 418B
read_stats
Dockerfile 459B
Makefile 388B
scripts
fai_read_stats
test_data
simple.fastq 3KB
simple.fastq.fai 819B
fai_read_stats.py 8KB
modules
plot.py 2KB
__pycache__
plot.cpython-38.pyc 2KB
IterativeHistogram.cpython-38.pyc 3KB
IterativeHistogram.py 5KB
example_output
report.tsv 147B
Nx.png 36KB
histogram.png 26KB
dipcall
Dockerfile 304B
Makefile 422B
busco
Dockerfile 3KB
Makefile 420B
config.ini 2KB
quast
Dockerfile 755B
Makefile 420B
.dockstore.yml 2KB
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男爵兔
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