基因集为R环境
R环境变量的基因集(例如同一途径内的基因),以便在不同的基因集之间轻松切换。
用法
load('my_env.RData')
pathways <- ls(my.env)
genes.in.pathway1 <- get(pathways[1], env=my.env)
genes.in.pathway2 <- get(pathways[2], env=my.env)
例子
> load('GO_Hs_GS.RData')
> ls()
[1] "GO.GS2Name" "GO.Hs.ENSEMBL2GS" "GO.Hs.GS2ENSEMBL" "GO.Hs.GS2Symbol"
[5] "GO.Hs.Symbol2GS"
> gos <- ls(GO.Hs.GS2Symbol)
> head(gos)
[1] "GO:0000002" "GO:000001