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cowboe:基于能量的窗户的建造。 该模块具有“ cowboe”算法,可用于伞状采样的参数选择
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2021-03-29
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世博 基于能源的Windows构建 什么是牛 COWBOE是用于伞采样中参数选择的python 3工具,这是一种用于分子动力学模拟的自由能计算方法。 特征 这是一个Python 3模块,因此易于安装。 完成了参数选择,该参数调整了窗口总数和用于伞采样的力常数。 使用Nelder-mead /受限Nelder-Mead单纯形优化算法对参数进行优化。 可以跟踪优化进度。 该模块包括用于比较和可视化不同PMF(平均力的潜力/自由能文件)和NM算法结果的功能。 安装 cowboe requires Python V3.6 or higher to run. 创建虚拟环境 最好将牛仔布安装在新环境中 使用venv对于Linux / macOS, python3 -m venv /path/to/new/virtual/environment source < venv> /bin/ac
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cowboe-master.zip (59个子文件)
cowboe-master
setup.py 2KB
.gitignore 2KB
requirements.txt 54B
cowboe_tutorial_V1.0.3.pdf 97KB
setup.cfg 62B
LICENSE.txt 34KB
.github
workflows
codeql-analysis.yml 2KB
examples
3
3.traj 467KB
3.txt 4KB
7.traj 480KB
list.txt 655B
11.traj 494KB
9.traj 467KB
13.traj 495KB
10.traj 500KB
1.traj 476KB
6.traj 468KB
4.traj 468KB
2.traj 472KB
5.traj 479KB
0.traj 467KB
8.traj 467KB
12.traj 505KB
examples.py 8KB
3.txt 4KB
benchmark.txt 4KB
1.txt 4KB
benchmark
19.traj 3.81MB
15.traj 3.81MB
21.traj 3.81MB
3.traj 3.81MB
23.traj 3.81MB
22.traj 3.81MB
7.traj 3.81MB
18.traj 3.81MB
list.txt 719B
11.traj 3.81MB
9.traj 3.81MB
13.traj 3.81MB
10.traj 3.81MB
17.traj 3.81MB
20.traj 3.81MB
1.traj 3.81MB
6.traj 3.81MB
16.traj 3.81MB
4.traj 3.81MB
14.traj 3.81MB
2.traj 3.81MB
5.traj 3.81MB
0.traj 3.81MB
8.traj 3.81MB
12.traj 3.81MB
2.txt 4KB
test_pmf.txt 5KB
README.md 8KB
docs
README.rst 1B
cowboe
__init__.py 108B
cowboe.py 97KB
version.py 22B
共 59 条
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楼小雨
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