Peridigm
Peridigm Installation Guide
For Peridigm versions
≥
1.4.1
Martin Rädel
DLR
für Luft- und Raumfahrt
Deutsches Zentrum
German Aerospace Center
Document Identication
ii
DLR German Aerospace Center
Composite Structures and Adaptive Systems
Structural Mechanics
Dr. Tobias Wille
38108 Braunschweig
Germany
Tel: +49 (0)531 295-3701
Fax: +49 (0)531 295-3702
Web: http://www.dlr.de/fa/en
Martin Rädel
Tel: +49 (0)531 295-2048
Fax: +49 (0)531 295-2232
Mail: martin.raedel@dlr.de
Repository
This document is part of the PeriDoX repository [1].
The complete repository can be found at:
https://github.com/PeriDoX/PeriDoX
Citing
When citing this document, please reference the following:
Martin Rädel, Christian Willberg, Peridigm Users Guide, DLR-IB-FA-BS-2018-23, DLR
Report, 2018, in PeriDoX, DOI: 10.5281/zenodo.1403015
Disclaimer
The contents of this document are provided AS IS. This information could contain tech-
nical inaccuracies, typographical errors and out-of-date information. This document may
be updated or changed without notice at any time. Use of the information is therefore
at your own risk. In no event shall the DLR be liable for special, indirect, incidental or
consequential damages resulting from or related to the use of this document.
DLR
Peridigm Installation Guide
Copyright
©
2018 German Aerospace Center (DLR)
Permission is granted to copy, distribute and/or modify this document under the terms
of the BSD Documentation License. A copy of the license is included in the section
entitled BSD Documentation License.
Dieses Dokument darf unter den Bedingungen der BSD Documentation License vervielfältigt,
distribuiert und/oder modiziert werden. Eine Kopie der Lizenz ist im Kapitel BSD
Documentation License enthalten.
Contents
List of Figures vii
List of Listings viii
1. About
Peridigm
1
1.1. Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
1.2. Adresses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
1.3. Hardware requirements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
1.4. Features . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
1.4.1. Example 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
1.4.2. Example 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
1.4.3. Example 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
1.5. License . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
1.6. Peridigm working environment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
1.7. Dependencies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
2. Linux in a virtual machine 5
2.1. Download Linux Distribution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
2.2. Install the virtual machine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
2.2.1. Download and install virtualization software . . . . . . . . . . . . . 5
2.2.2. Create the virtual machine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
2.2.3. Create a shared folder between host and virtual machine . . . . . . 15
2.2.4. Install the operating system in the virtual machine . . . . . . . . . 16
2.2.5. User modications to use shared folders . . . . . . . . . . . . . . . 21
2.2.6. Save the virtual machine state . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
3.
Peridigm
Linux installation 23
3.1. Tested combinations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
3.1.1. CPU-Architecture & operating system . . . . . . . . . . . . . . . . 23
3.1.2. Library and system combinations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
3.2. Basics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
3.2.1. Preliminary remarks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
3.2.2. Root .bashrc le . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
3.2.3. Fortran & C & C
++
-compiler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
3.2.4.
CMake
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
3.2.5. MPI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
DLR
Peridigm Installation Guide
iv
Contents
v
3.2.6.
Python
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
3.3. System libraries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
3.3.1. Necessary libraries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
3.3.2. Libraries that are not supposed to be installed yet . . . . . . . . . 34
3.4. Libraries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
3.4.1.
Boost
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
3.4.2.
HDF5
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
3.4.3.
NetCDF-C
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
3.4.4.
Trilinos
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
3.5.
Peridigm
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
3.5.1. Download . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
3.5.2. Compiling & installation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
3.5.3. After building and installing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
3.5.4. Install a local version on the cluster . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
3.5.5. Use of
Docker
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
4. Running
Peridigm
46
5. Install
ParaView
47
5.1. Linux installation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
5.2. Windows installation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
6. Install everything for
FETranslator
49
6.1. Linux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
6.1.1. Java . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
6.1.2.
NetCDF-C
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
6.2. Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
6.2.1. Java . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
6.2.2.
NetCDF-C
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
Bibliography 54
Appendix A. Build-scripts for Libraries 56
A.1.
Boost
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
A.1.1.
Boost
1.55.0 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
A.1.2.
Boost
1.60.0 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
A.2.
HDF5
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
A.3.
NetCDF-C
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
A.4.
Trilinos
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
A.5.
Peridigm
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
A.5.1.
CMake
script for
Peridigm
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
A.5.2. Script for cloning
Peridigm
from GitHub and compiling on the
STM-Cluster . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
A.6. Make a script executable . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
DLR
Peridigm Installation Guide
- 1
- 2
前往页