没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
accelerator_design:促进者活动的测量和建模; 人工启动子设计与测试
共212个文件
sh:58个
py:50个
r:43个
需积分: 9 0 下载量 157 浏览量
2021-02-15
03:27:30
上传
评论
收藏 224KB ZIP 举报
温馨提示
启动子设计 为“模型驱动的人工酵母启动子的生成”开发的代码和分析脚本(Kotopka BJ,Smolke CD。模型驱动的人工酵母启动子的生成。NatCommun。2020; 11(1):2113。)。 提交历史 提交a8dc340对应于BioRxiv预印本( )。 安装/设置 Python脚本是在Ubuntu 16.04(xenial)上使用Python 2.7运行的; R脚本(在“ Figures / RStudio”和“ Code”中)在Windows 10上使用R 3.5.1在RStudio 1.1.463中运行。有关Python的要求,请参见主目录中的“ requirements.txt”; 外部R依赖项是data.table,ggplot2,MASS,viridis,UpSetR,gplots和beanplot。 强烈建议将tensorflow-gpu用于模型训练。 这是做什
资源推荐
资源详情
资源评论
收起资源包目录
accelerator_design:促进者活动的测量和建模; 人工启动子设计与测试 (212个子文件)
build_table_align_GPD.cfg 1KB
build_table_align_ZEV.cfg 1KB
evolution_test.cfg 1KB
fit_means_GPD.cfg 1KB
fit_means_ZEV.cfg 1KB
fit_means_all.cfg 1019B
assign_bins_miseq_design_testing_GPD.cfg 877B
assign_bins_miseq_design_testing_ZEV.cfg 877B
oligo_design_test_fromtable.cfg 833B
oligo_design_final.cfg 831B
assign_bins_nextseq_GPD.cfg 815B
assign_bins_nextseq_ZEV.cfg 815B
assign_bins_miseq_GPD.cfg 791B
assign_bins_miseq_ZEV.cfg 791B
oligo_design_test.cfg 633B
train_model_joined_dropout.cfg 457B
train_model_joined_CV.cfg 456B
train_model_GPD.cfg 455B
train_model_ZEV.cfg 455B
train_model_joined_h10.cfg 449B
train_model_joined_h20.cfg 449B
train_model_joined.cfg 441B
fwd_primer_gen.cfg 369B
rev_primer_gen.cfg 368B
join_means.cfg 366B
build_table_exact_design_testing_GPD.cfg 339B
build_table_exact_design_testing_ZEV.cfg 339B
build_table_exact_ZEV.cfg 329B
build_table_exact_GPD.cfg 329B
primer_gen.cfg 306B
filter_means_ZEV.cfg 283B
filter_means_GPD.cfg 257B
merge_miseq_nextseq_GPD.cfg 231B
merge_miseq_nextseq_ZEV.cfg 231B
validate.cfg 205B
validate_final.cfg 198B
get_rnafold_mfe.cfg 166B
find_motifs_TATATA.csv 2KB
build_design_cfgs_key.csv 2KB
get_rnafold_mfe.csv 1KB
characterize_multiple_seqs.csv 889B
barcode_nextseq_ZEV.csv 814B
barcode_miseq_GPD.csv 762B
build_design_cfgs_key_2.csv 707B
find_motifs_AR_ZEV_1.csv 660B
find_motifs_AR_ZEV_2.csv 660B
find_motifs_AR_ZEV_3.csv 660B
barcode_miseq_ZEV.csv 634B
barcode_miseq_design_testing.csv 620B
characterize_multiple_seqs_onlysingle.csv 568B
barcode_nextseq_GPD.csv 404B
build_design_cfgs_key_3.csv 301B
LICENSE 1KB
rev_primers.log 39KB
fwd_primers.log 39KB
bdfacs_setpolys.m 3KB
README.md 3KB
seq_evolution.py 13KB
mean_fitting_likelihood_cuda.py 11KB
oligo_design.py 10KB
alignment_testing.py 9KB
seq_gradient_evolution.py 9KB
validate_oligos.py 8KB
hgbrian_GPU_NW.py 8KB
reduce_clusters.py 8KB
primer_gen.py 7KB
fastq_to_bin.py 7KB
characterize_by_mutagenesis.py 6KB
model_trainer.py 6KB
build_design_cfgs.py 6KB
table_to_pools.py 6KB
read_merge_connected_components.py 6KB
read_merge_v2.py 5KB
nw_align_mod.py 5KB
seq_selection.py 4KB
get_double_mutant_residuals.py 4KB
do_model.py 3KB
build_table_align.py 3KB
get_rnafold_mfe.py 3KB
score_first_conv_layer.py 3KB
find_and_score_motifs.py 3KB
split_datasets.py 3KB
merge_miseq_nextseq.py 3KB
get_seq_gradients.py 3KB
characterize_multiple_seqs.py 3KB
munge_reads_ZEV.py 2KB
get_align_group_fates.py 2KB
parse_yeastract.py 2KB
seq_evolve_to_threshold.py 2KB
filter_means.py 2KB
bin_assigner_nextseq_ZEV.py 2KB
get_experiment_ids.py 2KB
build_table_exact.py 2KB
bin_assigner_nextseq_GPD.py 2KB
design_diversity_testing.py 2KB
munge_reads_GPD.py 2KB
munge_reads_all.py 2KB
bin_assigner_miseq_GPD.py 2KB
seq_screening.py 1KB
bin_assigner_miseq_ZEV.py 1KB
共 212 条
- 1
- 2
- 3
资源评论
msjhfu
- 粉丝: 27
- 资源: 4607
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功