没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
usher:现有树木上的超快样品放置
共53个文件
cpp:13个
hpp:12个
png:5个
需积分: 9 0 下载量 180 浏览量
2021-03-09
10:55:41
上传
评论
收藏 582KB ZIP 举报
温馨提示
现有树木上的超快速样品放置(UShER) 新:我们现在将在此处共享和更新UShER的预处理过的带突变注释的树对象,以用于公共SARS-CoV-2序列: : UShER是一个程序,可以使用最大的简约性将新样本快速放置到现有系统发育中。 这对于了解新测序的SARS-CoV-2基因组彼此之间以及与先前测序的基因组在全局系统发育中的关系特别有帮助。 由于病毒的系统发育已经非常大(> 100K序列,请参见 ),并且预计会以许多方式增长,因此在大流行期间就已经成为实现基因组接触追踪的重要挑战。在接下来的几个月里折叠。 UShER比具有类似功能的现有工具快得多,并且现已集成到,该不需要UShER的安装和使用专门知识,如下面针对SARS-CoV-2应用程序所述。 如果您希望以独立方式使用UShER,请按照以下步骤操作。 内容 安装UShER 首先,使用以下命令克隆UShER存储库。 git
资源推荐
资源详情
资源评论
收起资源包目录
usher-master.zip (53个子文件)
usher-master
images
phangorn.png 158KB
pre-processing.png 69KB
branch-parsimony-score.png 76KB
placement.png 82KB
usher_logo.png 50KB
environment.yml 408B
.github
workflows
cmake.yml 942B
test
global_samples.vcf 1.32MB
myAlignedSequences.fa 149KB
combined.fa 119KB
new_samples.vcf 568B
test_merged.vcf 2KB
NC_045512v2.fa 30KB
Fasta2UShER
Fasta2UShER-Testfile_09_09_20_R941_Covid2_Guppy_4.0.11_guppy_demultiplexed_barcode03.muscle.out.fasta 60KB
Fasta2UShER-Testfile_09_09_20_R941_Covid2_Guppy_4.0.11_guppy_demultiplexed_barcode01.muscle.out.fasta 30KB
Fasta2UShER-Testfile_09_09_20_R941_Covid2_Guppy_4.0.11_guppy_demultiplexed_barcode02.muscle.out.fasta 30KB
global_phylo.nh 10KB
Dockerfile 448B
LICENSE 1KB
src
usher.cpp 79KB
Instrumentor.h 4KB
mutation_annotated_tree.hpp 6KB
usher_mapper.cpp 20KB
mutation_annotated_tree.cpp 42KB
usher_graph.hpp 2KB
matUtils
select.cpp 8KB
filter.hpp 387B
uncertainty.cpp 22KB
describe.cpp 4KB
summary.cpp 8KB
describe.hpp 260B
select.hpp 532B
summary.hpp 326B
convert.cpp 11KB
optimize.cpp 32KB
uncertainty.hpp 726B
mask.cpp 6KB
convert.hpp 98B
mask.hpp 198B
filter.cpp 3KB
annotate.cpp 19KB
annotate.hpp 383B
main.cpp 21KB
common.hpp 254B
README.md 5KB
optimize.hpp 143B
installMacOS.sh 787B
.gitignore 68B
CMakeLists.txt 3KB
parsimony.proto 808B
README.md 21KB
installUbuntu.sh 652B
installCentOS.sh 2KB
共 53 条
- 1
资源评论
迷荆
- 粉丝: 65
- 资源: 4720
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
最新资源
资源上传下载、课程学习等过程中有任何疑问或建议,欢迎提出宝贵意见哦~我们会及时处理!
点击此处反馈
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功