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graphdeconvolution:装配图中物种和菌株基因组混合物的反卷积
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2021-02-11
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装配图反卷积 用于使用时间序列丰度信息对包含应变混合物的反卷积装配图进行去卷积工作的存储库。 快速开始 假设您从一个包含成对的末端Illumina读取文件的目录开始,该文件的名称以通常的R?.fastq.gz结尾,则该软件可以按以下方式运行: export BBMAP=/path/to/bbmap export GDECONHOME=/path/to/this/repo find `pwd` -maxdepth 1 -name "*R1.fastq.gz" | sort > read1_files.txt find `pwd` -maxdepth 1 -name "*R2.fastq.gz" | sort > read2_files.txt $GDECONHOME/btools/gdecon.nf --readlist1=read1_files.txt --readlist2=read
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graphdeconvolution:装配图中物种和菌株基因组混合物的反卷积 (320个子文件)
bcalm 16.33MB
btrim 2.52MB
readsInterleaved2.fa.bz2 4KB
cx1_seq2sdbg.cpp 46KB
cx1_read2sdbg_s1.cpp 42KB
unitig_graph.cpp 39KB
cx1_read2sdbg_s2.cpp 37KB
cx1_kmer_count.cpp 37KB
contig_graph.cpp 36KB
iterate_edges.cpp 22KB
local_assembler.cpp 22KB
city.cpp 20KB
succinct_dbg.cpp 19KB
sdbg_builder.cpp 17KB
hash_graph.cpp 13KB
sequence_manager.cpp 12KB
assembler.cpp 12KB
assembly_algorithms.cpp 7KB
query_sdbg.cpp 7KB
bin_unitigs.cpp 7KB
options_description.cpp 6KB
sequence.cpp 5KB
compare-kmer-fasta.cpp 4KB
extract_pe_reads.cpp 4KB
contigs_to_fastg.cpp 4KB
count_kmer_coverage.cpp 4KB
local_assemble.cpp 4KB
contig_graph_branch_group.cpp 3KB
count-uniq-kmer.cpp 3KB
toolkit.cpp 3KB
kthread.cpp 2KB
asm_core.cpp 2KB
binary-edge-2-ascii.cpp 2KB
trim_low_qual_tail.cpp 2KB
filter_by_len.cpp 2KB
contig_info.cpp 2KB
read_stat.cpp 2KB
build_read_lib.cpp 463B
r1A.csv 2KB
r2A.csv 2KB
lv2_gpu_functions.cu 5KB
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device_radix_sort_dispatch.cuh 52KB
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device_reduce.cuh 39KB
block_radix_sort.cuh 37KB
block_store.cuh 37KB
util_type.cuh 36KB
device_reduce_dispatch.cuh 36KB
device_histogram.cuh 33KB
block_scan_raking.cuh 32KB
block_range_select.cuh 30KB
block_range_radix_sort_downsweep.cuh 27KB
device_reduce_by_key_dispatch.cuh 27KB
block_discontinuity.cuh 26KB
device_histogram_dispatch.cuh 26KB
block_reduce.cuh 26KB
warp_reduce.cuh 25KB
device_select_dispatch.cuh 25KB
device_scan_dispatch.cuh 24KB
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block_scan_warp_scans.cuh 22KB
block_range_scan.cuh 22KB
device_radix_sort.cuh 21KB
device_scan.cuh 19KB
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device_select.cuh 19KB
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block_reduce_raking_commutative_only.cuh 8KB
block_histogram_sort.cuh 8KB
util_arch.cuh 8KB
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cache_modified_input_iterator.cuh 8KB
constant_input_iterator.cuh 7KB
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徐志鹄
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