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phateR:R中实现PHATE降维的方法
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2021-05-22
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磷酸盐 该R包提供了。 有关PHATE可视化方法的完整概述,请参见《。 有关我们的Python和Matlab实现,请参见 。 目录 快速开始 教程 问题 常问问题 帮助 安装 为了在R中使用PHATE,您还必须安装Python软件包。 如果未安装python或pip ,则需要安装它们。 我们建议Miniconda3一起安装Python和pip ,否则,您可以从https://pip.pypa.io/en/stable/installing/安装pip 。 从CRAN和PyPi安装 首先通过在终端上运行以下代码在Python中安装phate : pip install --user phate 然后通过在R中运行以下代码从CRAN安装phateR : install.packages( " phateR " ) 使用devtools安装并进行reticulate安装 可以
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phateR-master.zip (40个子文件)
phateR-master
.github
ISSUE_TEMPLATE
bug_report.md 2KB
question.md 100B
feature_request.md 604B
workflows
run_tests.yml 3KB
NAMESPACE 456B
travis_setup.sh 540B
DESCRIPTION 1KB
inst
examples
bonemarrow_tutorial.Rmd 8KB
bonemarrow_tutorial.html 1.96MB
CITATION 643B
extdata
generate_treedata.R 576B
R
tree.data.R 591B
cluster.R 1KB
preprocessing.R 940B
utils.R 4KB
phate.R 15KB
.Rbuildignore 767B
LICENSE 15KB
README.md 7KB
data
tree.data.rda 2.22MB
tree.data.small.rda 95KB
man
figures
README-plot-results-1.png 11KB
README-ggplot-1.png 8KB
README-adjust-parameters-1.png 6KB
README-example-data-1.png 15KB
check_pyphate_version.Rd 327B
summary.Rd 652B
tree.data.small.Rd 498B
plot.Rd 590B
ggplot.Rd 716B
cluster_phate.Rd 936B
as.matrix.Rd 424B
phate.Rd 5KB
library.size.normalize.Rd 1KB
tree.data.Rd 470B
print.Rd 876B
install.phate.Rd 1KB
as.data.frame.Rd 406B
.gitignore 46B
README.Rmd 7KB
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