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EventEpi:从流行病学文本中提取最重要实体并对其进行分析的工具
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2021-02-15
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此仓库包含EventEpi的工作。 EventEpi是支持基于事件的监视的框架。 该框架包含三部分,它们构成了EventEpi的工作流程: event_db_preprocessing ,其中包含使用流行病学数据库可能必需的示例性预处理步骤。 scraper ,其中包含用于 和文章 维基百科的 对的查询,其中包含所有英文和德文的疾病名称。 此外,它还包含文本提取功能,可从原始HTML或PDF提取相关文本。 classifer ,包含从流行病学文本中提取关键命名实体并确定给定代码库的文章的相关性的模块。 安装 在您的虚拟环境中 $ pip install -r requirements.txt NLTK需要语料库 EpiTator需要数据 功能性 预处理 目的是翻译德国的国家和疾病名称,使其与输出。 这对于分类器很重要,因为它们需要与EpiTator输出类似的标签。 由于将Wiki
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EventEpi-master.zip (54个子文件)
EventEpi-master
notebooks
classification.ipynb 270KB
Eyeballing IDB.ipynb 27KB
statistics.ipynb 171KB
annotation_testing.ipynb 24KB
T-sne_embeddings.ipynb 589KB
build_epi_corpus.ipynb 7KB
LRP_analysis.ipynb 723KB
requirements.txt 341B
README.md 4KB
eventepi
my_utils.py 4KB
__init__.py 0B
pipeline.py 18KB
event_db_preprocessing
clean_urls.py 2KB
clean_dates.py 773B
__init__.py 0B
event_db.py 2KB
translate_diseases.py 2KB
clean_diseases.py 685B
clean_counts.py 744B
translate_countries.py 2KB
clean_countries.py 2KB
classifier
__init__.py 0B
extract_sentence.py 4KB
naive_bayes.py 3KB
create_labels.py 2KB
summarize.py 3KB
scraper
_country_lookup.py 2KB
promed_scraper.py 4KB
wikidata_diseases.py 1KB
wikipedia_countries.py 2KB
_rki_abbreviations.py 628B
__init__.py 0B
_disease_lookup.py 2KB
_clean_wikipedia_table.py 3KB
text_extractor.py 2KB
who_scraper.py 3KB
tests
test_translation.py 2KB
__init__.py 0B
test_extract_sentence_from_entitiy.py 2KB
test_wikipedia_list_of_countries.py 3KB
test_pipeline_data_formats.py 1KB
test_event_db_preprocessing.py 7KB
.gitignore 1KB
web_app
app.py 3KB
images
bg.png 4KB
js
uikit.min.js 129KB
datatables.min.js 2.09MB
jquery-3.2.1.min.js 85KB
__init__.py 0B
css
styles.css 94B
uikit.min.css 247KB
datatables.min.css 35KB
embedder.py 1KB
templates
index.html 3KB
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