treesub:一个将其他程序粘合在一起的小程序，允许用户以 FASTA 格式输入密码子比对，并生成带注释的系统发育树，显示给定...

treesub：在树上注释祖先替换 介绍 这个小工具将几个其他工具粘合在一起，允许用户以 FASTA 格式输入密码子比对，并生成带注释的系统发育树，显示给定分支上发生了哪些替换。 它使用以下工具和库： RAxML是一个基于序列和并行最大似然推断大型系统发育树的程序 [1]。 PAML是一套用于系统发育分析的软件工具 [2]。 我们用它来估计分支长度并推断祖先序列。 FigTree是系统发育树的图形查看器。 带注释的树可以在 Figtree 中打开，并且可以根据需要准备（尽可能接近）树，以便在 Adob​​e Illustrator 等程序中进行打印或进一步编辑。 Java 库PAL [3] 和BioJava [4] 等用于读取、操作和写入对齐文件和系统发育树。 安装 此应用程序已确认可在 Mac OS 10.6+ 和 Linux 上运行。 您需要下载并安装： RAxML，可以从下