Molecular Dynamics Studio:分子动力学细胞构建-开源

这是一组软件修改的集合，旨在集成NanoEngineer-1，PACKMOL和MSI2LMP，以轻松创建分子动力学单元。 NanoEngineer-1是Nanorex编写的分子CAD软件，为用户提供了一种创建分子的简便方法，而软件修改允许用户使用多个力场来键入原子。 PACKMOL可以使用NanoEngineer-1的分子模板生成分子的随机集合，从而提供初始的MD细胞。 对PACKMOL的修改允许将原子类型数据传递到MSI2LMP软件。 MSI2LMP基于I类或II类力场创建LAMMPS输入文件。 MSI2LMP进行了修改，以使用由NanoEngineer-1生成的数字编码力场数据。 MMP文件格式已扩展并集成到所有三个软件应用程序中。 http://www.nanoengineer-1.net http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/ http://lammps.sandia.gov/