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NetSim:基于生死杂交的系统进化网络模拟器
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2021-03-17
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网络模拟 NetSim的目标是以基于过程的方式生成系统发育网络。 NetSim考虑模拟网络的出生-死亡-混合过程。 我们认为允许杂交是沿袭产生,沿袭退化和沿袭中性。 安装 您可以使用以下命令从安装开发版本: # install.packages("devtools") devtools :: install_github( " jjustison/NetSim " ) 例子 这是模拟不超过一定年龄或一定数量分类单元的网络的基本示例: library( NetSim ) library( phytools ) # > Warning: package 'phytools' was built under R version 3.5.3 # > Loading required package: ape # > Loading required package: maps # > Warn
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NetSim-master.zip (43个子文件)
NetSim-master
NetSim.Rproj 414B
README.Rmd 2KB
man
network.gsa.Rd 1KB
sim.bdh.taxa.ssa.Rd 3KB
figures
README-unnamed-chunk-3-1.png 3KB
make.linear.decay.Rd 688B
deleteTips.Rd 481B
make.polynomial.decay.Rd 759B
read.net.Rd 2KB
reconstructedNetwork.Rd 491B
sim.bdh.age.Rd 4KB
make.exp.decay.Rd 718B
make.categorical.draw.Rd 639B
make.stepwise.Rd 906B
plottable.net.Rd 474B
sim.bdh.taxa.gsa.Rd 3KB
make.states.incompatible.Rd 597B
make.allopolyploid.event.Rd 913B
make.beta.draw.Rd 566B
make.uniform.draw.Rd 416B
write.net.Rd 2KB
incompleteSampling.Rd 705B
make.polyploid.model.Rd 4KB
NAMESPACE 543B
tests
testthat
test-write.R 355B
testthat.R 57B
vignettes
introduction.Rmd 23KB
.gitignore 11B
vignette.bib 23KB
.Rbuildignore 60B
LICENSE.md 34KB
.gitignore 29B
R
sim.bdh.taxa.help.R 7KB
sim.bdh.taxa.R 7KB
read.net.R 10KB
sim.bdh.age.R 5KB
NetworkSim.R 15KB
write.net.R 9KB
make.functions.R 11KB
network.gsa.R 2KB
sim.bdh.age.help.R 20KB
DESCRIPTION 488B
README.md 3KB
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蒋叶婷
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