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scRNA_cell_deconv_benchmark:在单细胞RNA序列数据上评估细胞类型注释R包装
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2021-04-10
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数据集 可通过以下获得四对真实数据集(已处理)和手稿中提到的降采样数据集: : 模拟数据集 请找到相应的Rscripts以获取模拟数据。 使用Docker运行Rscripts 从Docker文件中提取手稿中使用的软件版本(此处说明如何使用奇点)。 R会话中的用法 SINGULARITY_DOCKER_USERNAME=dockerusername SINGULARITY_DOCKER_PASSWORD=dockerpassword singularity pull docker://qhhuang/benchmark_celltype_r_packages:versioncontrol singularity exec -B /path/to/your/working/directory /path/to/docker/img/benchmark_celltype_r_package
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scRNA_cell_deconv_benchmark-master.zip (17个子文件)
scRNA_cell_deconv_benchmark-master
Scripts
garnett_sample_usage.R 3KB
Simulation_Data
Simulation_datasets.R 5KB
Result_preprocessing
metrics_calculation_example.ipynb 9KB
Result_pulling_example.R 4KB
CP_and_RPC_sample_usage.R 3KB
Util.R 631B
singleCellNet_sample_usage.R 3KB
CHETAH_sample_usage.R 1KB
SingleR_sample_usage.R 1KB
Seurat_sample_usage.R 2KB
SCINA_sample_usage.R 2KB
Data_Processing
Data_preprocessing.R 3KB
Downsample
downsample_gene_pancreas_code.R 3KB
downsample_read_pancreas_code.txt 5KB
scID_sample_usage.R 1KB
scmap_sample_usage.R 2KB
README.md 2KB
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DaleDai
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