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gcvit:基于CViT的工具,用于可视化VCF文件
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2021-05-06
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威望 目录 关于 GCViT是用于重测序或SNP阵列数据的全基因组可视化的工具,它可以读取GFF和VCF格式的数据,并允许用户比较两个或多个登录,以目视确定整个参考基因组的相似性和差异性区域。 可以通过身份验证来控制对数据集的访问。 GCViT建立在CViTjs之上, CViTjs是一个Javascript应用程序,用于查看全基因组规模的基因组特征。 GCViT在Go中实现。 可以使用Docker映像。 GCViT公开了一个API,并且只能作为服务器安装,没有UI。 图1. 6个大豆种质单倍型比较的例子。 在GCViT中探索大豆SNP数据(在SoyBase) 入门 提供了一个示例大豆数据集来测试cvitjs。 首先,建议您使用Docker 。 docker run -d -p 8080:8080 gcvit:latest GCViT现在应该可以从http://localhos
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gcvit:基于CViT的工具,用于可视化VCF文件 (138个子文件)
.babelrc 208B
testcert.cert 1KB
test-42219.conf 17KB
cvit.conf 259B
index.css 7KB
cvit.css 5KB
Dockerfile 2KB
gm_backbone.gff 1KB
test.gff 0B
Wm82v4_centromeric_repeats.gff3 57KB
.gitignore 310B
.gitignore 214B
gcvit.go 9KB
utilities.go 4KB
server.go 3KB
basicAuth.go 2KB
structs.go 638B
SoySNP50k_TestFile_named.vcf.gz 491KB
GCViT.html 2KB
index.html 2KB
index.html 1KB
cvittest.html 1KB
gff.html 40B
favicon.ico 149KB
favicon.ico 5KB
LayoutView.js 17KB
index.js 14KB
DownloadModal.js 12KB
App.js 10KB
TrackOptionsSelect.js 10KB
ColorSelect.js 9KB
Utilities.js 8KB
Glyph.js 6KB
DefaultConfig.js 5KB
Rulers.js 5KB
BaseOptionsSelect.js 5KB
DisplayButton.js 4KB
GenotypeSelect.js 4KB
ParseGff.js 4KB
DisplayHeat.js 4KB
index.js 4KB
Canvas.js 3KB
Popover.js 3KB
DisplayHistogram.js 3KB
rollup.config.js 3KB
GeneralOptions.js 3KB
DisplayHaplotype.js 3KB
index.js 3KB
ReferenceGenotype.js 3KB
Export.js 3KB
Chromosome.js 3KB
ComparisonGenotype.js 2KB
Overlay.js 2KB
main.blast_ui.js 2KB
drupalMain.js 2KB
main.js 2KB
RectTool.js 2KB
index.js 2KB
GroupToggle.js 2KB
HelpModal.js 2KB
index.js 2KB
Heat.js 2KB
Key.js 2KB
cvit.js 2KB
OptionsForm.js 2KB
StackedBar.js 2KB
FreedrawTool.js 1KB
ParseIni.js 1KB
CompareForm.js 1KB
DisplayNone.js 1KB
Histogram.js 1KB
About.js 1KB
PanTool.js 1KB
EraserTool.js 1KB
index.js 1KB
Distance.js 1KB
Doublecircle.js 1KB
index.js 1KB
Help.js 907B
ResetTool.js 906B
ZoomTool.js 904B
drawAsHelper.js 853B
index.js 841B
Centromere.js 823B
HeatConfig.js 798B
Range.js 790B
ColorSelector.js 766B
Rect.js 765B
Circle.js 733B
Marker.js 713B
HaploConfig.js 703B
Border.js 690B
HistConfig.js 678B
DefaultConfiguration.js 661B
index.js 648B
QueryString.js 647B
HeaderOption.js 628B
index.js 557B
index.js 534B
Import.js 530B
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蜜蜜蜜蜜糖
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