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Bio.B-Gen:用于生物分子模拟的初始系统(盒)生成器-开源
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2021-05-27
19:56:08
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“ Bio.B-Gen”是用于生成用于生物分子模拟的初始系统的命令行工具。 “ Bio.B-Gen”主要设计用于与GROMACS分子动力学模拟程序包(http://www.gromacs.org)一起使用。 “ Bio.B-Gen”取决于GROMACS拓扑和生成阶段中的力场信息(.top和.itp数据文件)。 “ Bio.B-Gen”将现有结构的分子的指定数量的副本添加到系统内部指定的空间域(例如球体,立方体,球形外壳,层等)的现有配置中。然后,可选地,“ Bio.B -Gen”可解决系统中分子之间的重叠并保存新的分子构型。 通过针对不同的分子种类和空间域多次运行“ Bio.B-Gen”,可以生成非常复杂的初始系统。 生成系统并解决所有重叠问题后,通常需要进行短暂的GROMACS仿真运行(10-20 ps),以确保系统适当放松。
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biobgen1.1.tar.gz (37个子文件)
biobgen1.1
changelog.txt 780B
lib
inserter.cpp 7KB
vector3d.cpp 8KB
my_re.cpp 5KB
parser.cpp 4KB
bio_molecule.cpp 10KB
my_strings.cpp 10KB
my_cli.cpp 12KB
md_neighbour_search.cpp 9KB
my_xdr3df.cpp 14KB
matrix3d_sym.cpp 7KB
my_timer.cpp 2KB
md_box.cpp 6KB
bio_index.cpp 8KB
format_xtc2.cpp 13KB
solvers.cpp 5KB
bio_topology_parser.cpp 28KB
my_debug.cpp 7KB
constants.cpp 5KB
my_geometry.cpp 12KB
my_random.cpp 11KB
bio_configuration.cpp 23KB
minimizer.cpp 11KB
bbg_shape.cpp 16KB
format_trr.cpp 9KB
my_file.cpp 9KB
my_exceptions.hpp 3KB
matrix3d.cpp 12KB
bio_topology.cpp 27KB
prng_engine.hpp 13KB
quaternion.cpp 12KB
my_utils.cpp 2KB
format_gro.cpp 11KB
bio.b-gen.cpp 27KB
README.txt 2KB
comp 577B
bin
license.txt 34KB
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