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FriPan:互动式网络工具,用于探索细菌菌株的全基因组
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2021-05-06
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弗里潘 细菌泛基因组的交互式可视化 介绍 FriPan是一个基于Web的工具,用于探索多个细菌基因组的泛基因组。 FriPan本身不执行直系同源物聚类,但是可以直接加载[Roary]( )的输出。 每个基因组是一行,并且每个基因簇都有一个柱状位置。 安装 确保已安装npm : brew install npm # MacOS Homebrew or Linuxbrew sudo apt-get install npm # Debian/Ubuntu/Mint sudo yum install npm # Redhat/Centos/Fedora 安装代码并构建: git clone https://github.com/drpowell/FriPan cd FriPan npm install make compile 使用我们在server.sh基
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FriPan-master.zip (43个子文件)
FriPan-master
.gitignore 168B
package.json 570B
Makefile 1KB
test.proteinortho 309KB
package-lock.json 111KB
src
mds-worker.coffee 1KB
test-tree.coffee 598B
mds.coffee 3KB
pan-chart.coffee 17KB
newick.coffee 3KB
util.coffee 5KB
main.coffee 315B
mds-plot.coffee 8KB
FriPan-logo.svg 20KB
lib
d3.v3.min.js 141KB
chosen.css 15KB
jquery-1.8.2.min.js 91KB
jquery-ui.js 438KB
colorbrewer.v1.min.js 18KB
jquery-ui.css 31KB
chosen.jquery.js 46KB
numeric-1.2.6.js 139KB
gene-matrix.coffee 7KB
tree.coffee 12KB
pan.css 5KB
pan.coffee 24KB
FriPan-logo.svg.js 20KB
fripan_panels.png 173KB
.travis.yml 107B
test.tree 438B
test.descriptions 894KB
pan.html 4KB
LICENSE 1KB
test-tree.html 837B
fripan.png 13KB
pan.index 5B
README.md 6KB
server.sh 153B
index.html 54B
faa-summarize.py 1006B
TODO.md 235B
test.strains 376B
test.roary 546KB
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苏咔咔
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