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DEST_freeze1
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2021-04-19
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DEST 用于DEST数据集的映射和质量控制的脚本 元数据 populationInfo\ :具有来自DrosEU,DrosRTEC和DPGP文件的补充数据,以形成统一的元数据文件; 根据lat附加GHCND站。 而且很长。 PoolSeq映射管道 mappingPipeline\ :包含dockerized映射管道。 下载数据,生成bam文件,过滤器文件,gSYNC文件 合并DGN数据 add_DGN_datda\ :下载,格式化,将DGN数据提升为gSYNC格式 SNP呼叫 snpCalling :基于gSYNC文件的SNP调用 实用程序脚本 utility\ :(a)下载单个文件; (b)
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DEST_freeze1 (103个子文件)
ghcnd-stations.csv 2.99MB
samps_worldclim.csv 102KB
drosEU_SraRunInfo.csv 81KB
dpgp.ind.use.csv 59KB
dest.worldclim.csv 56KB
samps.csv 50KB
rd.csv 23KB
simulans.csv 20KB
pcr.csv 6KB
Dockerfile 7KB
dmel-all-transposon-r6.12.fasta 8.39MB
dmel-all-transposon-r6.12_fixed-id.fasta 7.27MB
dmel-all-chromosome-r6.12.fasta.out.gff 12.03MB
.gitignore 10B
dmel-all-chromosome-r6.12.fasta.gz 40.72MB
D_simulans.fasta.gz 37.06MB
dmel-all-chromosome-r6.12.fasta.masked.gz 35.07MB
dmel-all-transposon-r6.12.fasta.gz 2.27MB
dgn.list 483B
README.md 9KB
README.md 6KB
README.md 3KB
README.md 1KB
README.md 944B
README.md 649B
PoolSnp_README.md 624B
oldold 8KB
PickleRef.py 11KB
PoolSnp.py 10KB
Mpileup2Sync.py 8KB
MaskSYNC_snape_monomorphic_filter.py 7KB
MaskSYNC_snape_monomorphic_filter.2.py 7KB
SNAPE2SYNC.py 6KB
MaskSYNC_snape.py 5KB
MaskSYNC_snape_complete.py 5KB
guess_encoding.py 5KB
MaskSYNC.py 4KB
Snape_to_VCF.py 3KB
fix_bam.py 3KB
makeNiceMap.py 2KB
get_sample_name.py 370B
adjust-id.py 225B
makeJointSampleInfo.R 14KB
sequencingSummaryStats.R 7KB
makePlots.R 3KB
get_data_dest.R 3KB
paste.R 2KB
makeJobs.R 1KB
merge_troubleshoot.R 1KB
makeNiceMap.R 1KB
w2l_check.R 824B
getSNP_list_drosRTEC.R 820B
vcf2gds.R 380B
check4dups.R 276B
fq_to_sync_pipeline.sh 12KB
get_dpgp_workstation.sh 9KB
unpack.sh 7KB
hologene_gen.sh 6KB
run_poolsnp.sh 5KB
Hologenome_dmel6.12.sh 5KB
run_poolsnp_paramtest.sh 4KB
liftover_r5_to_r6.sh 3KB
annotate.sh 3KB
makePopGenomeSync.sh 3KB
runDocker.sh 2KB
sync_knownSites.sh 2KB
makePopSync.sh 2KB
final_SNP_list.sh 2KB
annotate_paramtest.sh 2KB
mergeSNPlist.sh 2KB
concatenate.sh 2KB
gather_poolsnp_paramtest.sh 2KB
gather_poolsnp.sh 1KB
filterFinal.sh 1KB
download_SRA.sh 1KB
move.sh 1KB
makeNiceMap.sh 1KB
pop_chr_maker.sh 990B
getRefGenome.sh 979B
check_fastq_encoding.sh 973B
findAllSites.sh 914B
rbindSync.sh 843B
getSNP_list_drosRTEC.sh 816B
wide2long.sh 782B
downloadDGN.sh 764B
liftover_r6_to_r5.sh 686B
getSimContaminationLevel.sh 673B
getSNP_list_drosEU.sh 659B
Mpileup2Snape.sh 640B
drosRTEC_set2_SraRunInfo.txt 31KB
snapeURLs0.txt 29KB
snapeURLs.txt 29KB
syncURLs.txt 25KB
syncURLs0.txt 25KB
output.txt 23KB
drosRTEC_set1_SraRunInfo.txt 8KB
input.txt 7KB
TableS1_individuals.xls 416KB
TableS2_populations.xls 34KB
DrosEU_allYears_210120.xlsx 200KB
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简内特
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