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DEST-AglyPoolseq:这是DEST存储库的修改版本。 它包含用于映射管道的已修改脚本
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2021-03-26
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DEST-AglyPoolseq 修改后的脚本,用于DEST数据集的映射和质量控制。 修改了管道和Dockerfile以与Aphis甘氨酸基因组一起使用。 元数据 populationInfo\ :具有来自现场和实验室人口的补充数据。 PoolSeq映射管道 mappingPipeline\ :包含dockerized映射管道。 下载数据,生成bam文件,过滤器文件,gSYNC文件 合并DGN数据 add_DGN_datda\ :下载,格式化DGN数据,并将其转换为gSYNC格式。 未在该项目中使用。 SNP呼叫 PoolSNP4Sync\ :基于gSYNC文件的SNP调用SNAPE\ :基于快照输出的SNP调用 实用程序脚本 utility\ :(a)下载单个文件; (b)
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DEST-AglyPoolseq:这是DEST存储库的修改版本。 它包含用于映射管道的已修改脚本 (344个子文件)
out2.cov 68B
out1.cov 68B
fieldPools.csv 16KB
goodSamps.delim 3KB
Dockerfile 8KB
Dockerfile 2KB
.DS_Store 14KB
.DS_Store 14KB
.DS_Store 12KB
.DS_Store 10KB
.DS_Store 10KB
.DS_Store 8KB
.DS_Store 8KB
.DS_Store 8KB
.DS_Store 6KB
.DS_Store 6KB
.DS_Store 6KB
.DS_Store 6KB
.DS_Store 6KB
.DS_Store 6KB
.DS_Store 6KB
.DS_Store 6KB
.DS_Store 6KB
.DS_Store 6KB
.DS_Store 6KB
repeatmasker.insecta.fa 20.7MB
Aphis_glycines_4.v2.1.scaffolds.fa.out.gff 38.72MB
Aphis_glycines_4.v2.1.scaffolds.fa.masked.gz 91.66MB
Aphis_glycines_4.v2.1.scaffolds.fa.gz 86.06MB
dest.all.PoolSNP.001.50.dm3.dm6.csv.gz 22.24MB
joined_masked.sync.gz 183B
out1_masked.sync.gz 183B
out1.sync.gz 183B
out2_masked.sync.gz 177B
out2.sync.gz 174B
out1.bed.gz 63B
out2.bed.gz 61B
out1.indel 49B
out2.indel 49B
dgn.list 547B
README.md 3KB
Readme.Md 3KB
README.md 3KB
README.md 2KB
README.md 2KB
README.md 1KB
README_masking.md 1KB
README.md 1KB
Readme.Md 1KB
README.md 744B
README.md 634B
PoolSnp_README.md 624B
README.md 186B
README.md 71B
README.md 0B
fieldPools.numbers 288KB
old_bits 4KB
oldold 8KB
Aphis_glycines_4.v2.1.scaffolds.fa.out 59.78MB
Extended_endemism_fig.pdf 48.04MB
AIMS_figure.pdf 27.39MB
joint_figure.pdf 25.23MB
Raster_MAF.pdf 1.27MB
SNP_positions.pdf 781KB
hist_inal_figure.pdf 726KB
Heather_dp_corrs.pdf 433KB
Heather_af_corrs.pdf 407KB
cluster_pca_supp.pdf 384KB
Heather_neff_corrs.pdf 373KB
MBE_dp_corrs.pdf 356KB
MBE_neff_corrs.pdf 272KB
MBE_af_corrs.pdf 239KB
mutation_plots.pdf 182KB
PCA_figure_supp.pdf 163KB
SixD_af_corrs.pdf 134KB
pool_inbreed_pca.pdf 128KB
SixD_neff_corrs.pdf 112KB
mutation_count.pdf 99KB
SixD_dp_corrs.pdf 90KB
est_pvals.pdf 12KB
mutation_count_fixed.pdf 7KB
PCA_corr_Num_plot.pdf 7KB
mutation_correlations.pdf 6KB
MSA_DAPX_xval.pdf 5KB
PCA_figure.pdf 3.89MB
Heather_dp_corrs.png 1.4MB
Heather_neff_corrs.png 1.29MB
Heather_af_corrs.png 1.27MB
MBE_dp_corrs.png 1.27MB
MBE_neff_corrs.png 1.04MB
MBE_af_corrs.png 857KB
PCA_figure.png 730KB
Extended_endemism_fig.png 694KB
SixD_af_corrs.png 634KB
SixD_neff_corrs.png 541KB
SixD_dp_corrs.png 479KB
joint_figure.png 311KB
AIMS_figure.png 298KB
mutation_plots.png 130KB
hist_inal_figure.png 129KB
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