mdsimple:一个命令行实用程序，可轻松创建，设置一组MD实验并将其提交给集群上的作业调度程序。最初支持GROMACS模拟和PBS作业计划程序资源-CSDN文库

共57个文件

sh：30个

mdp：17个

md：6个

需积分: 9 41 浏览量 2021-03-28 00:50:05 上传评论收藏 63KB ZIP 举报

资源推荐

资源详情

资源评论

收起资源包目录

package

mdsimple-master.zip （57个子文件）

folder

mdsimple-master

folder

design

folder

parts

strategy.md 435B

pseudocode.md 279B

des_doc.md 1KB

folder

md_scripts

folder

lig_md

gmd_ligand_only.sh 4KB

dl_pdb.sh 143B

hydrog_lig.sh 294B

gmd_proc_traj.sh 302B

gmd_lig_setup.sh 792B

gmd_lig_em_nvt_npt_prodmd.sh 479B

folder

base_md

gmd_prodmd.sh 535B

qsub_all_evp.sh 79B

gmd_emin.sh 141B

gmd_nptequilib.sh 440B

qsub_all_pmd.sh 79B

.DS_Store 6KB

gmd_nvtequilib.sh 390B

qsub_emin_nvt_npt_equil.sh 2KB

qsub_prodmd.sh 1KB

folder

setup_md

gmd_setup_from_pdb.sh 5KB

gmd_solv=ac.sh 5KB

create_solv_box.sh 1KB

gmd_setup_frompwd.sh 4KB

create_custom solvents.sh 234B

gmd_setup_by_hand.sh 5KB

.DS_Store 8KB

folder

analy_md

gmd_setup_analyses.sh 601B

gmd_pmd_analyses.sh 1KB

folder

clean_md

gmd_cleanup.sh 392B

gmd_cleanup_traj_plots.sh 95B

gmd_relocate_sim_files.sh 506B

prep_large_simulation_set.sh 8KB

folder

MDP_Files

folder

noposres

npt_noposres.mdp 2KB

nvt_noposres.mdp 2KB

folder

standard

npt_posres.mdp 2KB

md_10ns.mdp 3KB

ions.mdp 1KB

em_1000kJ.mdp 1KB

md_1ns.mdp 3KB

nvt_posres.mdp 2KB

folder

ligand

nvt_liginsol.mdp 2KB

npt_liginsol.mdp 3KB

folder

nonaq

npt_prot_acetone.mdp 3KB

nvt_prot_acetone.mdp 2KB

prep_expts.sh 7KB

folder

standard

npt.mdp 2KB

nvt.mdp 2KB

em.mdp 1KB

ions.mdp 1KB

md.mdp 3KB

LICENSE 34KB

prep_crd+topol.sh 969B

subm_prodmd_expts.sh 343B

subm_equil_expts.sh 357B

.gitignore 88B

README.md 193B

folder

notes

run_nonaq_sim.md 2KB

run_lig_sim.md 4KB

内容反馈

简内特

粉丝: 29
资源: 4715

最新资源

资源上传下载、课程学习等过程中有任何疑问或建议，欢迎提出宝贵意见哦~我们会及时处理！点击此处反馈

feedback-tip