cuclark:支持CUDA的GPU的元基因组分类器

克拉克 关于 CuCLARK是基于CLARK（ ）的支持CUDA的GPU的宏基因组分类器。 有关实现的详细信息和速度比较，请参见相应的论文《 。 本文使用了CuCLARK ，并已对其进行了更新（有关详细信息，请参阅CHANGELOG.md ）。 该程序有两个变体：CuCLARK和CuCLARK-1。 CuCLARK是为工作站设计的，该工作站可以提供足够的RAM以适合大型数据库（例如NCBI / RefSeq中的所有细菌基因组）和任意数量的启用CUDA的GPU。 CuCLARK-1使用的数据库要小得多，并且可以在具有4 GB RAM和具有至少1 GB内存的支持CUDA的GPU的计算机上运行。 要将CuCLARK用作元基因组分类器，建议为此使用提供的脚本，这些脚本将在“ metagnomic样本的分类”部分中进行详细介绍。 作者 Robin Kobus，德国JGU美因茨计算机科学研究