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primerTree:第一树
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2021-05-25
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底漆树 PrimerTree:通过视觉评估引物对的特异性和信息性 特征 自动查询引物对并生成产物树。 可以运行分析,然后在两个命令中进行绘制。 支持Primer-Blast和clustal omega的所有选项。 安装 R安装 CRAN install .packages('primerTree') Github # install.packages( "devtools" ) devtools: :install_github( "jimhester/primerTree" ) 安装 视窗 使用预编译的Windows二进制文件。 可以将已安装的clustalo.exe放在您的路径中,或者在clustal_options选项中将该路径传递给可执行文件 library (primerTree) mammals_16S = search_primer_pair(name='Mam
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primerTree-master.zip (45个子文件)
primerTree-master
.travis.yml 122B
man
tree_from_alignment.Rd 636B
get_sequences.Rd 1KB
accession2gi.Rd 395B
get_taxonomy.Rd 451B
summary.primerTree.Rd 801B
parse_primer_hits.Rd 340B
primerTree.Rd 538B
gi2taxid.Rd 377B
seq_lengths.Rd 774B
plot_tree_ranks.Rd 1KB
layout_tree_ape.Rd 684B
identify.primerTree_plot.Rd 477B
plot_tree.Rd 1KB
mammals_16S.Rd 267B
clustalo.Rd 765B
seq_lengths.primerTree.Rd 421B
bryophytes_trnL.Rd 277B
search_primer_pair.Rd 3KB
filter_seqs.Rd 1KB
get_sequence.Rd 750B
plot.primerTree.Rd 939B
calc_rank_dist_ave.Rd 2KB
primer_search.Rd 1KB
data
mammals_16S.RData 34KB
bryophytes_trnL.RData 67KB
NAMESPACE 1KB
NEWS.md 538B
primerTree.Rproj 311B
TODO.md 701B
src
read_dna.c 5KB
init.c 502B
.Rbuildignore 140B
LICENSE.md 15KB
.gitignore 56B
paper.Rmd 9KB
R
plot.R 5KB
primerTree.R 15KB
sequence.R 6KB
taxonomy.R 3KB
search.R 9KB
filterResults.R 2KB
Makefile 588B
DESCRIPTION 805B
README.md 2KB
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kudrei
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