BiocLyon2015:2015年法国里昂课程资料

本课程广泛介绍了使用R和Bioconductor进行高通量序列数据的分析和理解； 没有讨论许多其他有用的软件工具。 要解决的主题和学习目标如下： 生物导体简介：熟悉整体序列分析工作流程。 生物导体应对的分析挑战的多样性。 生物导体包装在特定工作流程步骤中的作用。 生物导体资源，以帮助和有效利用。 下一代测序数据处理：常见的基因组文件类型（FASTA / FASTQ，BED，WIG，GTF等）及其生物导体表示和操作。 基本生物导体数据结构（例如DNAStringSet，GenomicRanges）。 生物导体基因和基因组“注释”资源。 适用于常见生物信息任务的简单Bioconductor解决方案。 主要软件包：GenomicFiles，GenomicRanges，GenomicFeatures，ShortRead，Biostrings。 变异调用和注释：对变异调用方法和（主要是非生物导