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ParmEd:参数拓扑编辑器和分子模拟器
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2021-02-17
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ParmEd 跨程序参数和拓扑文件编辑器以及分子力学模拟器引擎。 徽章 描述 ParmEd是一种包装,旨在促进创建和轻松操纵常见的经典力场充分描述的分子系统。 支持的力场包括Amber,CHARMM,AMEOBA以及其他共享相似功能形式的场(例如GROMOS)。 ParmEd能够读取和写入各种不同的文件格式,例如Amber拓扑和坐标文件,CHARMM PSF,参数,拓扑和坐标文件,Tinker参数,拓扑和坐标文件等。 富有表现力的中央数据结构( Structure类)使快速,安全地操纵化学系统,其基础拓扑和描述其势能函数的力场参数变得容易。 ParmEd有两个部分-一个文档化的API,您可以将其合并到自己的Python脚本和程序中,以及一个GUI / CLI对程序,它们提供了一种快速对化学系统进行各种修改以进行快速原型制作的方法。 该API还提供了与库的绑定,使您可以在高性能硬件(
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ParmEd:参数拓扑编辑器和分子模拟器 (777个子文件)
frcmod.1 1KB
frcmod.2 264B
jac.analout 20.27MB
aminoacids.arn 3KB
dna.arn 116B
rna.arn 116B
atomtypes.atp 4KB
4lzt.pdb.bz2 42KB
small.parm7.bz2 7KB
mp8.cein 2KB
setup.cfg 130B
frcmod.chcl3 405B
.checkignore 76B
frcmod.chiOL4 4KB
1ffk.cif 8.53MB
2koc.cif 789KB
1kip-sf.cif 683KB
testOutputDataFile.cif 398KB
1kip.cif 322KB
4LZT.cif 268KB
2igd.cif 135KB
1aki.cif 131KB
sample.cif 10KB
model.cif 7KB
model_error2.cif 7KB
model_error1.cif 7KB
model_error3.cif 7KB
test-output-2.cif 427B
test-output-1.cif 375B
test-output.cif 375B
ksi_solv.config 6.61MB
ksi_gas.config 285KB
ala_gas.config 2KB
frcmod.constph 215B
ala_ala_ala.coor 796B
.coveragerc 588B
mp8.cpein 3KB
tyx.cpein 1KB
test.cpin 3KB
test.old.cpin 3KB
_rdparm.cpp 6KB
readparm.cpp 5KB
main.cpp 720B
cpptest1 105B
cpptest2 87B
dhfr_min_charmm.crd 7.54MB
tz2.truncoct.crd 1.35MB
ala3_solv.crd 382KB
ala2_charmmgui.crd 274KB
1tnm.crd 98KB
biphenyl.crd 819B
phenol.crd 489B
gaff.dat 449KB
gaff2.dat 445KB
parm14ipq.dat 191KB
opls_parm.dat 72KB
GLYCAM_06j.dat 64KB
GLYCAM_06h.dat 61KB
parm10.dat 57KB
parm99.dat 41KB
parm99EP.dat 40KB
parm91X.dat 37KB
parm91X.ua.dat 36KB
parm91.dat 36KB
lipid11.dat 28KB
parm96.dat 27KB
parm98.dat 27KB
parm94.dat 27KB
parmPM3.dat 24KB
parmAM1.dat 24KB
lipid14.dat 18KB
GLYCAM_06EPb.dat 14KB
lj_1264_pol.dat 13KB
lj_1264_pol.dat 13KB
nucgen.dat 12KB
toyrna.dat 6KB
badparm1.dat 445B
badparm2.dat 407B
badparm4.dat 395B
badparm5.dat 395B
badparm11.dat 394B
badparm13.dat 394B
badparm8.dat 394B
badparm7.dat 394B
badparm3.dat 394B
badparm12.dat 394B
badparm6.dat 394B
badparm9.dat 369B
watermodels.dat 214B
badparm10.dat 7B
frcmod.dc4 289B
forcefield.doc 776B
nma.dyn 761KB
frcmod.fb15 104KB
frcmod.ff03 1KB
frcmod.ff03ua 8KB
frcmod.ff12polA 183KB
frcmod.ff12polL 183KB
frcmod.ff12SB 25KB
leaprc.ff12SB 7KB
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