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CUSHAW2: Parallel Gapped Read Alignment:大型基因组的领先的短读/长读比对仪之一-开源
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2021-04-26
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CUSHAW2是针对大型基因组(例如人类基因组)的快速且平行的缺口阅读比对。 通过将模拟数据集和真实数据集与人类基因组对齐进行的性能评估表明,就单端和双端对齐的对齐质量而言,CUSHAW2始终是排名最高的对齐器,同时显示出极高的竞争速度。 此外,相对于CPU线程数,我们的aligner显示出良好的并行可伸缩性。
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cushaw2-v2.1.11.tar.gz (77个子文件)
cushaw2-v2.1.11
COPYING 34KB
src
Seed.h 622B
Mapping.h 1KB
Sequence.h 652B
Genome.h 3KB
Aligner.cpp 33KB
SuffixArray.cpp 1KB
SeqFileParser.cpp 10KB
Options.h 5KB
Structs.h 703B
SingleEnd.h 731B
Options.cpp 25KB
SAM.h 926B
MyFile.h 994B
SingleEnd.cpp 4KB
BWT.cpp 3KB
MemEngine.cpp 44KB
SAM.cpp 15KB
Utils.cpp 1KB
SuffixArray.h 1KB
Aligner.h 32KB
CigarAlign.cpp 3KB
CigarAlign.h 3KB
Genome.cpp 3KB
main.cpp 999B
bamreader
faidx.c 11KB
sam.h 2KB
bam.h 24KB
kseq.h 8KB
khash.h 17KB
kstring.c 5KB
sam.c 5KB
razf.c 24KB
razf.h 4KB
bam_import.c 17KB
faidx.h 3KB
kstring.h 3KB
sam_header.h 636B
bam_aux.c 5KB
Makefile 462B
bam.c 12KB
bgzf.c 18KB
sam_header.c 17KB
bam_endian.h 1KB
bgzf.h 4KB
main.c 3KB
Macros.h 2KB
SeqFileParser.h 5KB
PairedEnd.cpp 13KB
BwtMacros.h 1KB
Thread.h 987B
Sequence.cpp 3KB
MemEngine.h 5KB
PairedEnd.h 885B
Seed.cpp 543B
BWT.h 3KB
Utils.h 388B
cushaw2_index
src
bwtmisc.c 7KB
bwt_gen.c 49KB
bntseq.h 2KB
kseq.h 7KB
utils.c 2KB
bntseq.c 9KB
QSufSort.c 14KB
bwt.c 8KB
bwtindex.c 8KB
bwt.h 4KB
utils.h 2KB
main.h 672B
bwt_gen.h 4KB
bwtio.c 2KB
QSufSort.h 2KB
is.c 6KB
main.c 97B
Makefile 523B
Makefile 1KB
README 820B
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