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bracer:BraCeR-从单细胞RNAseq数据重建B细胞受体序列
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2021-05-22
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BraCeR BraCeR-从单细胞RNA-seq数据重建B细胞受体序列。 重要说明:Python依赖项与TraCeR不同。 使用需求文件(详细介绍)来更新它们。 内容 介绍 该工具可从单细胞RNA-seq数据重建重排和表达的B细胞受体基因的序列。 然后,它使用BCR序列来识别源自相同原始克隆扩展细胞的细胞。 有关BraCeR的更多信息,请参见《的或之前的《 。 BraCeR建立在经过验证的工具上,可根据单细胞RNA序列数据(TraCeR)重建T细胞受体序列。 有关TraCeR,其验证以及如何将其用于研究感染期间T细胞种群的更多信息,请参阅《的论文或它之前的bioRxiv预印本。 请通过电子邮件将问题发送至ida.lindeman@medisin.uio.no 安装 BraCeR是用Python编写的,因此可以直接下载,设置为可执行文件(使用chmod u+x bracer )
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bracer:BraCeR-从单细胞RNAseq数据重建B细胞受体序列 (370个子文件)
Hsap_gl.aux 1KB
Mmus_gl.aux 918B
bracer 1KB
BCR_H.rev.1.bt2 17.88MB
BCR_H.1.bt2 17.88MB
BCR_H.1.bt2 8.91MB
BCR_H.rev.1.bt2 8.91MB
BCR_H.rev.2.bt2 7.7MB
BCR_H.2.bt2 7.7MB
BCR_H.4.bt2 7.7MB
BCR_H.rev.1.bt2 7.37MB
BCR_H.1.bt2 7.37MB
BCR_H.rev.1.bt2 7.29MB
BCR_H.1.bt2 7.29MB
BCR_K.1.bt2 4.53MB
BCR_K.rev.1.bt2 4.53MB
BCR_K.1.bt2 4.25MB
BCR_K.rev.1.bt2 4.25MB
BCR_L.1.bt2 4.23MB
BCR_L.rev.1.bt2 4.23MB
BCR_L.1.bt2 4.01MB
BCR_L.rev.1.bt2 4.01MB
BCR_H.rev.2.bt2 2.77MB
BCR_H.2.bt2 2.77MB
BCR_H.4.bt2 2.77MB
BCR_H.3.bt2 890KB
BCR_H.2.bt2 569KB
BCR_H.rev.2.bt2 569KB
BCR_H.4.bt2 569KB
BCR_H.2.bt2 557KB
BCR_H.rev.2.bt2 557KB
BCR_H.4.bt2 557KB
BCR_H.3.bt2 460KB
BCR_H.3.bt2 447KB
BCR_K.2.bt2 325KB
BCR_K.rev.2.bt2 325KB
BCR_K.4.bt2 325KB
BCR_H.3.bt2 321KB
BCR_K.rev.2.bt2 154KB
BCR_K.2.bt2 154KB
BCR_K.4.bt2 154KB
BCR_L.rev.2.bt2 145KB
BCR_L.2.bt2 145KB
BCR_L.4.bt2 145KB
BCR_K.3.bt2 36KB
BCR_K.3.bt2 17KB
BCR_L.3.bt2 16KB
BCR_L.rev.2.bt2 4KB
BCR_L.2.bt2 4KB
BCR_L.4.bt2 4KB
BCR_L.3.bt2 458B
docker_bracer.conf 946B
bracer.conf 916B
colours.csv 66B
colours.csv 66B
Dockerfile 4KB
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clonotype_network_with_identifiers.dot 785B
BCR_H.fa 34.5MB
BCR_H.fa 12.32MB
BCR_K.fa 1.38MB
BCR_K.fa 662KB
BCR_L.fa 621KB
BCR_V.fa 187KB
BCR_V.fa 167KB
BCR_H_V.fa 165KB
BCR_H_V.fa 142KB
BCR_H_V.fa 126KB
BCR_H_V.fa 121KB
BCR_H_V.fa 105KB
BCR_H_V_cleaned.fa 105KB
BCR_H_V.fa 105KB
BCR_K_V.fa 64KB
BCR_K_V.fa 63KB
BCR_K_V.fa 45KB
BCR_K_V.fa 45KB
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BCR_K_V_cleaned.fa 32KB
BCR_K_V.fa 32KB
BCR_K_V.fa 32KB
BCR_L_V.fa 28KB
BCR_L_V.fa 28KB
BCR_L_V_cleaned.fa 28KB
BCR_C_all.fa 20KB
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BCR_H_C_all.fa 14KB
BCR_C_all.fa 9KB
BCR_H_C_all.fa 7KB
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BCR_L_V.fa 4KB
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BCR_H_D.fa 2KB
BCR_H_D.fa 2KB
BCR_D.fa 2KB
BCR_K_C_all.fa 2KB
BCR_L_V.fa 2KB
BCR_H_C.fa 2KB
BCR_L_C_all.fa 1KB
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