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seurat:用于单细胞基因组学的R工具包
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2021-02-23
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瑟拉特v4.0 Seurat是用于单细胞基因组学的R工具包,由NYGC的Satija实验室开发和维护。 说明,文档和教程可在以下位置找到: Seurat也托管在GitHub上,您可以在以下位置查看和克隆存储库 通过使用devtools软件包直接从GitHub上安装,Seurat已成功安装在Mac OS X,Linux和Windows上 改进和新功能将定期添加,如有任何问题或您是否愿意贡献,请发布在上 有关版本历史记录/更改日志,请参阅。
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seurat:用于单细胞基因组学的R工具包 (289个子文件)
valid_pointer.c 166B
CITATION 4KB
ModularityOptimizer.cpp 33KB
RcppExports.cpp 22KB
data_manipulation.cpp 15KB
integration.cpp 6KB
RModularityOptimizer.cpp 5KB
snn.cpp 4KB
fast_NN_dist.cpp 2KB
tissue_positions_list.csv 181KB
DESCRIPTION 4KB
pbmc_select.gif 62KB
.gitattributes 52B
.gitignore 88B
matrix.mtx.gz 188B
features.tsv.gz 163B
barcodes.tsv.gz 87B
ModularityOptimizer.h 6KB
data_manipulation.h 3KB
integration.h 1004B
snn.h 634B
filtered_feature_bc_matrix.h5 227KB
seurat_banner.jpg 309KB
scalefactors_json.json 164B
LICENSE 34KB
Makevars 16B
NEWS.md 16KB
index.md 4KB
CODE_OF_CONDUCT.md 3KB
README.md 1KB
bug_report.md 981B
cran-comments.md 880B
analysis-question.md 609B
documentation.md 288B
feature-request.md 202B
pull_request_template.md 201B
matrix.mtx 40KB
NAMESPACE 19KB
zfRenderSeurat.old 20KB
tissue_lowres_image.png 457KB
anchorsb_2018.png 257KB
hashing_vignette.png 209KB
sctransform.png 178KB
de_vignette.png 122KB
conversion_vignette.png 111KB
future_rocket.png 108KB
visualization.R 233KB
integration.R 176KB
preprocessing.R 110KB
objects.R 82KB
dimensional_reduction.R 72KB
utilities.R 68KB
differential_expression.R 63KB
clustering.R 55KB
mixscape.R 45KB
generics.R 21KB
test_integration.R 21KB
test_preprocessing.R 17KB
test_objects.R 16KB
test_differential_expression.R 14KB
tree.R 11KB
test_data_manipulation.R 9KB
reexports.R 9KB
test_transferdata.R 7KB
test_integratedata.R 6KB
test_utilities.R 5KB
test_modularity_optimizer.R 5KB
RcppExports.R 5KB
convenience.R 4KB
test_dimensional_reduction.R 2KB
zzz.R 2KB
test_load_10X.R 2KB
data.R 1KB
test_visualization.R 896B
testthat.R 56B
.Rbuildignore 198B
FindMarkers.Rd 11KB
RunUMAP.Rd 8KB
FindTransferAnchors.Rd 7KB
TransferData.Rd 6KB
FindAllMarkers.Rd 6KB
FindIntegrationAnchors.Rd 6KB
FeaturePlot.Rd 5KB
IntegrateData.Rd 5KB
FindNeighbors.Rd 5KB
SpatialPlot.Rd 5KB
MixscapeHeatmap.Rd 5KB
FindVariableFeatures.Rd 5KB
DimPlot.Rd 5KB
ColorDimSplit.Rd 4KB
DEenrichRPlot.Rd 4KB
SCTransform.Rd 4KB
Seurat-package.Rd 4KB
reexports.Rd 4KB
ScaleData.Rd 4KB
IntegrateEmbeddings.Rd 3KB
FindClusters.Rd 3KB
PrepSCTIntegration.Rd 3KB
FoldChange.Rd 3KB
ProjectUMAP.Rd 3KB
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