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ancient_DNA_salish_sea:手稿的脚本
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2021-03-16
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古代DNA的杂交捕获 该存储库包含手稿“古代DNA的杂交捕获揭示了900年来海岸萨利什(Salish)渔业冬季产卵鲱鱼种群的收获”中使用的脚本。 研究概述 长期以来,不同种群或表型对生态系统产品的贡献程度尚不清楚。 对种群多样性进行时间研究在诸如太平洋鲱鱼等饲料鱼中尤为重要,因为它们是沿海食物网,文化和经济的基础。 在这项研究中,我们使用从华盛顿普吉特海湾伯顿英亩考古遗址出土的鲱鱼骨(N = 44)中提取的古代DNA,研究了近千年来遗传上不同的鲱鱼种群对食物供应的相对贡献。 我们应用杂交捕获技术对古代样本中约5,000个SNP进行基因分型,并确定了沿海岸Salish渔民在约900年的时间里收获的鲱鱼种群。 目录结构
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ancient_DNA_salish_sea-main.zip (22个子文件)
ancient_DNA_salish_sea-main
.gitattributes 66B
scripts
observed_heterozygosity.png 10KB
fastqc_adapter.png 42KB
step7_individual_heterozygosity.md 3KB
step6_FilterLociHWE.md 6KB
mapdamage_plot.pdf 15KB
step2_align_to_genome.md 4KB
step4b_VariantCalling_ModernSamples.md 6KB
step5_CombiningAncient&ModernData_bcftools_isec.md 7KB
step3_aDNA_mapdamage.md 3KB
step4a_VariantCalling_AncientSamples.md 6KB
step1_process_raw_data.md 5KB
fastqc_quality.png 48KB
mapdamage_plot.png 18KB
sequence_adapters.png 9KB
observed_heterozygosity.pdf 5KB
plot_mapdamage.R 3KB
step8_CheckforDuplicateIndividuals_IdentityByDescent.md 7KB
step8_EstimateLD.md 3KB
.Rhistory 0B
Photo6.jpg 2.37MB
README.md 1KB
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火器营松老三
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