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longshot:二倍体SNV呼叫者,易于出错的读取
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2021-05-05
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远射 Longshot是使用容易出错的长读(例如Pacific Biosciences(PacBio)SMRT和Oxford Nanopore Technologies(ONT))用于二倍体基因组的变体调用工具。 它以对齐的BAM文件为输入,并输出包含变体和单倍型信息的分阶段VCF文件。 它也可以对输入的VCF文件进行基因分型和定相。 它可以输出单倍型分隔的BAM文件,可用于下游分析。 目前,它仅调用单核苷酸变体(SNV),但如果在输入VCF中给出了插入缺失,则可以对插入缺失进行基因分型。 引文 如果您使用Longshot,请引用以下出版物: 支持的操作系统 Longshot已使用Ubuntu 16.04和18.04,CentOS 6.6,Manjaro Linux 17.1.11和Mac OS 10.14.2 Mojave进行了测试。 它应该可以在安装了Rust和Cargo的任何基
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longshot-master.zip (44个子文件)
longshot-master
.gitmodules 1B
build.rs 1KB
Dockerfile 2KB
LICENSE 1KB
src
spoa.rs 1KB
genotype_probs.rs 16KB
poa
poa_func.h 1KB
poa_func.cpp 3KB
print_output.rs 12KB
call_genotypes.rs 40KB
realignment.rs 14KB
estimate_read_coverage.rs 6KB
variants_and_fragments.rs 61KB
util.rs 10KB
main.rs 38KB
call_potential_snvs.rs 34KB
estimate_alignment_parameters.rs 23KB
haplotype_assembly.rs 12KB
extract_fragments_debug.rs 14KB
extract_fragments.rs 49KB
hapcut2
hapcut2.c 5KB
pointerheap.h 1KB
khash.h 21KB
common.c 965B
common.h 2KB
fragmatrix.c 15KB
logsum10.c 1KB
find_maxcut.c 16KB
maxcut_lr.c 10KB
fragmatrix.h 1KB
readinputbuffers.c 4KB
pointerheap.c 4KB
like_scores.c 4KB
readinputbuffers.h 381B
logsum10.h 1KB
errors.rs 4KB
Cargo.toml 392B
.gitignore 368B
README.md 15KB
example_data
pacbio_reads_30x.bam.bai 6KB
ground_truth_variants.vcf 27KB
genome.fa.fai 79B
genome.fa 593KB
pacbio_reads_30x.bam 9.38MB
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秦风明
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