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OptiLCMS:R套件可优化LC-MS光谱处理
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2021-04-17
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OptiLCMS 介绍 OptiLCMS是一个R软件包,可提供优化的LC-MS原始数据处理流程。 此处包含“ MS光谱处理”模块的源代码。 OptiLCMS可用于在本地重复MetaboAnalyst生成的结果,并且还可以选择由MetaboAnalystR依赖于 安装 如下所示,为用户提供了3种典型的方法来安装此软件包。 (a。)安装偏差(测试版)版本 # Latest features could only be obtained from this approach, make sure 'devtools' installed first devtools :: install_github( " xia-lab/OptiLCMS " , build = TRUE , build_vignettes = FALSE , build_manual = T ) (b。)从本地R tar软件
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OptiLCMS:R套件可优化LC-MS光谱处理 (109个子文件)
xcms_binners.c 30KB
mzROI.c 21KB
util.c 7KB
fastMatch.c 3KB
init.c 3KB
CITATION 403B
vec.cpp 71KB
xcms_dynprog.cpp 33KB
mat.cpp 30KB
TrMgr.cpp 16KB
SegProc.cpp 15KB
DataKeeper.cpp 13KB
Tracker.cpp 12KB
OpOverload.cpp 8KB
xcms_massifquant.cpp 5KB
xcms_obiwarp.cpp 4KB
xcms_lmat.cpp 3KB
extended_adducts_pos.csv 2KB
extended_adducts_neg.csv 1KB
neutralloss.csv 264B
primary_adducts_neg.csv 191B
primary_adducts_pos.csv 179B
neutraladdition.csv 85B
ions.csv 83B
DESCRIPTION 1KB
decorana.f 19KB
vec.h 29KB
mat.h 18KB
nmath.h 6KB
xcms_dynprog.h 5KB
dpq.h 5KB
xcms_binners.h 4KB
Tracker.h 4KB
TrMgr.h 3KB
OpOverload.h 3KB
DataKeeper.h 2KB
lmat.h 2KB
SegProc.h 2KB
util.h 2KB
fastMatch.h 250B
LICENSE 38B
Makevars 444B
README.md 2KB
NEWS.md 83B
NAMESPACE 2KB
vec.o 234KB
mat.o 173KB
xcms_dynprog.o 169KB
xcms_obiwarp.o 109KB
xcms_lmat.o 95KB
mzROI.o 37KB
xcms_binners.o 37KB
util.o 21KB
init.o 12KB
Spectra_Utils.R 229KB
Optimize_params.R 98KB
Perform_functions.R 57KB
Params_db.R 57KB
Resume_functions.R 55KB
Spectra_import.R 51KB
Spectra_visulization.R 48KB
ROI_Extraction.R 40KB
Other_Utils.R 34KB
C_function.R 15KB
Global_setting.R 7KB
OptiLCMS_Class.R 7KB
Example_Running_Script.R 5KB
SetPeakParam.Rd 7KB
ExecutePlan.Rd 5KB
running.plan.Rd 3KB
PerformPeakProfiling.Rd 3KB
ImportRawMSData.Rd 3KB
PerformDataTrimming.Rd 3KB
PerformROIExtraction.Rd 3KB
mSet.Rd 2KB
FormatPeakList.Rd 2KB
PerformParamsOptimization.Rd 2KB
PerformPeakAnnotation.Rd 2KB
SetAnnotationParam.Rd 2KB
PerformDataInspect.Rd 2KB
UpdateRawfiles.Rd 1KB
PlotXIC.Rd 1KB
InitDataObjects.Rd 1KB
PlotSpectraInsensityStistics.Rd 1KB
SetPlotParam.Rd 1KB
PlotSpectraRTadj.Rd 1KB
PlotSpectraBPIadj.Rd 1KB
plotMSfeature.Rd 1KB
PlotSpectraPCA.Rd 1016B
Export.Annotation.Rd 983B
plotSingleTIC.Rd 940B
PerformPeakPicking.Rd 923B
Export.PeakSummary.Rd 912B
Export.PeakTable.Rd 890B
PerformPeakFiling.Rd 884B
GaussModel.Rd 839B
PerformPeakAlignment.Rd 758B
updateRawSpectraPath.Rd 752B
InitializaPlan.Rd 724B
CentroidMSData.Rd 719B
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秦风明
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