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miloR:Milo的R包实现用于在KNN图中测试差分丰度
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2021-04-06
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lo Milo是一种用于从单细胞数据集中对KNN图进行差分丰度分析的方法。 有关更多详细信息,请阅读。 安装 ## Install development version devtools::install_github("MarioniLab/miloR") 讲解 :包括用于下游分析功能的演示。 工作流程示例 开始的Milo工作流程示例: data(sim_trajectory) milo.meta <- sim_trajectory$meta milo.obj <- Milo(sim_trajectory$SCE) milo.obj 建立图表和社区。 milo.obj <- buildGraph(milo.obj, k=20, d=30) milo.obj <- makeNhoods(milo.obj, k=20, d=30, refined=TRUE, prop=0.2) 计算
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miloR:Milo的R包实现用于在KNN图中测试差分丰度 (134个子文件)
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pkgdown.css 7KB
bootstrap-toc.css 2KB
DESCRIPTION 2KB
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.gitignore 4B
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milo_gastrulation.html 45KB
milo_demo.html 31KB
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Milo.html 16KB
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index.html 8KB
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buildNhoodGraph.html 7KB
plotNhoodGraphDA.html 7KB
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sim_discrete.html 6KB
index.html 5KB
404.html 5KB
authors.html 5KB
bootstrap-toc.js 5KB
pkgdown.js 3KB
docsearch.js 2KB
empty-anchor.js 653B
empty-anchor.js 653B
header-attrs.js 507B
header-attrs.js 507B
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README.md 2KB
NEWS.md 224B
NAMESPACE 4KB
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milo_schematic.png 1.16MB
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unnamed-chunk-16-1.png 244KB
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unnamed-chunk-15-1.png 42KB
unnamed-chunk-9-1.png 18KB
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plotNhoods.R 28KB
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test_graphSpatialFDR.R 13KB
testDiffExp.R 13KB
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findNhoodGroupMarkers.R 10KB
test_findNhoodMarkers.R 10KB
methods.R 9KB
calcNhoodDistance.R 8KB
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test_findNhoodGroupMarkers.R 7KB
test_plotNhoods.R 7KB
buildGraph.R 7KB
test_groupNhoodMarkers.R 7KB
graphSpatialFDR.R 7KB
makeNhoods.R 7KB
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AllGenerics.R 2KB
buildNhoodGraph.R 2KB
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sim_discrete.R 679B
testthat.R 116B
.Rbuildignore 74B
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是十五呀
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