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miloR:Milo的R包实现用于在KNN图中测试差分丰度
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2021-04-06
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lo Milo是一种用于从单细胞数据集中对KNN图进行差分丰度分析的方法。 有关更多详细信息,请阅读。 安装 ## Install development version devtools::install_github("MarioniLab/miloR") 讲解 :包括用于下游分析功能的演示。 工作流程示例 开始的Milo工作流程示例: data(sim_trajectory) milo.meta <- sim_trajectory$meta milo.obj <- Milo(sim_trajectory$SCE) milo.obj 建立图表和社区。 milo.obj <- buildGraph(milo.obj, k=20, d=30) milo.obj <- makeNhoods(milo.obj, k=20, d=30, refined=TRUE, prop=0.2) 计算
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miloR:Milo的R包实现用于在KNN图中测试差分丰度 (134个子文件)
docsearch.css 11KB
pkgdown.css 7KB
bootstrap-toc.css 2KB
DESCRIPTION 2KB
.gitignore 97B
.gitignore 4B
testDiffExp.html 48KB
milo_gastrulation.html 45KB
milo_demo.html 31KB
testNhoods.html 22KB
findNhoodMarkers.html 22KB
Milo.html 16KB
countCells.html 14KB
buildGraph.html 12KB
methods.html 11KB
makeNhoods.html 11KB
calcNhoodDistance.html 11KB
plotNhoodSizeHist.html 10KB
calcNhoodExpression.html 10KB
index.html 10KB
plotNhoodExpressionDA.html 9KB
buildFromAdjacency.html 9KB
graphSpatialFDR.html 8KB
index.html 8KB
annotateNhoods.html 8KB
plotDAbeeswarm.html 7KB
plotNhoodGraph.html 7KB
buildNhoodGraph.html 7KB
plotNhoodGraphDA.html 7KB
sim_trajectory.html 7KB
matrixORMatrix-class.html 6KB
sim_discrete.html 6KB
index.html 5KB
404.html 5KB
authors.html 5KB
bootstrap-toc.js 5KB
pkgdown.js 3KB
docsearch.js 2KB
empty-anchor.js 653B
empty-anchor.js 653B
header-attrs.js 507B
header-attrs.js 507B
LICENSE 34KB
README.md 2KB
NEWS.md 224B
NAMESPACE 4KB
milo_schematic.png 1.16MB
milo_schematic.png 1.16MB
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unnamed-chunk-22-1.png 290KB
unnamed-chunk-16-1.png 244KB
unnamed-chunk-20-1.png 224KB
unnamed-chunk-3-1.png 196KB
unnamed-chunk-3-1.png 57KB
unnamed-chunk-15-1.png 42KB
unnamed-chunk-9-1.png 18KB
plotNhoodSizeHist-1.png 17KB
unnamed-chunk-7-1.png 16KB
unnamed-chunk-14-1.png 15KB
unnamed-chunk-18-1.png 14KB
plotNhoods.R 28KB
findNhoodMarkers.R 15KB
test_testDiffExp.R 14KB
test_graphSpatialFDR.R 13KB
testDiffExp.R 13KB
test_testNhoods.R 11KB
testNhoods.R 11KB
findNhoodGroupMarkers.R 10KB
test_findNhoodMarkers.R 10KB
methods.R 9KB
calcNhoodDistance.R 8KB
groupNhoods.R 8KB
test_findNhoodGroupMarkers.R 7KB
test_plotNhoods.R 7KB
buildGraph.R 7KB
test_groupNhoodMarkers.R 7KB
graphSpatialFDR.R 7KB
makeNhoods.R 7KB
test_calcNhoodDistance.R 7KB
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utils.R 6KB
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test_makeNhoods.R 5KB
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countCells.R 4KB
buildFromAdjacency.R 4KB
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test_buildNhoodGraph.R 3KB
annotateNhoods.R 3KB
AllClasses.R 3KB
AllGenerics.R 2KB
buildNhoodGraph.R 2KB
sim_trajectory.R 695B
sim_discrete.R 679B
testthat.R 116B
.Rbuildignore 74B
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