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mitohelper:线粒体辅助剂
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2021-04-08
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线粒体辅助剂 Mitohelper是用于鱼类eDNA研究的基于Python的线粒体参考序列分析工具。 对于感兴趣的研究人员很有用: 找出特定鱼类物种中是否存在线粒体参考序列/分类法( getrecord在命令mitohelper.py ) 找出线粒体基因的特定区域进行了测序,其(通过对准与参考序列)( getalignment在命令mitohelper.py ) 使用预先格式化的QIIME兼容核糖体RNA(12S或12S + 16S + 18S)序列和分类法数据库进行下游分析(可在QIIME-compatible文件夹中找到) 了解有关我们的数据处理管道和mitohelper算法的更多信息(有关所有细节,请访问 !) 依存关系 在python 3.6.10上测试 对于本地blastn搜索,必须在系统路径中安装(特别是blastn ) 必需的python模块: 点击(v7.1.2
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mitohelper-master.zip (32个子文件)
mitohelper-master
testdata
getrecordOUT_L7.fasta 56KB
blastnALN.alnpositions.tsv 277B
species.query.txt 96B
blastnALN.alnpositions.pdf 18KB
Zebrafish.12S.ref.fasta 1KB
getrecordOUT_L7_hits.tsv 66KB
Ecoli.K12MG1655.16S.ref.fasta 2KB
blastnALN.blastn.txt 5KB
12S.test.fasta 54KB
README.md 580B
Zebrafish.18S.ref.fasta 2KB
getalignment_out.PNG 205KB
getrecordOUT_L7.taxonomy.tsv 5KB
QIIME-compatible
README.MD 1KB
12S-seqs-derep-uniq.qza 8.21MB
12S-16S-18S-tax.qza 6.93MB
12S-tax-derep-uniq.qza 470KB
mitohelper.py 10KB
MitoFish_download_links.MD 720B
requirements.txt 63B
db.scripts
process_qiime2.sh 3KB
createpickle.py 406B
FotW5_classification
FotW5_order.tsv 2KB
FotW5Classification.pdf 442KB
README.md 900B
FotW5_family.tsv 9KB
getpickle.py 925B
COI.unconventional.acc 27B
12S.unconventional.acc 9KB
make_ref.sh 1KB
README.md 249B
README.md 10KB
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sleepsoft
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