马斯特2021

马斯特2021 大纲 用于分析MAESTER数据的脚本集合。 此大纲（也是本文的补充图5）显示了如何使用脚本。 1_预处理 过滤细胞条形码（CB），并从Read 2 fastq的读取ID中的Read 1 fastq生成具有CB和唯一分子标识符（UMI）的fastq文件。 assembleFastq.PvG210215.R 对齐后，获取bam文件，并将读取的ID中的CB和UMI添加为bam标签。 Tag_CB_UMI.PvG191004.sh 通过执行额外的QC并生成野生型/突变细胞表来处理IronThrone-GoT摘要表。 201116_GoT_QC.R 取得MAEGATK的输出，并沿着线粒体基因组绘制覆盖范围。 210124_MT_coverage.R 2_下游分析 此文件夹中的脚本用于组合scRNA-seq，MAESTER和GoT数据的下游分析。 1.细胞系混合聚类和清除 使