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gssw:字符串与部分有序的字符串图的有效对齐
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2021-05-25
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GSSW(字符串到图形对齐器) 用于基因组应用的图形SIMD Smith-Waterman C / C ++库 作者:埃里克·加里森,亚当·诺瓦克,乔丹·埃森加,赵梦瑶 概述 GSSW是到图形的扩展泛化。 该存储库以提供对比对得分矩阵,H和E向量的访问的方式扩展了主要的。 使用这些功能,我们扩展了递归关系,该递归关系定义了图矩阵中各个结点之间的得分矩阵中的得分。 除了SSW的标准评分功能外,GSSW还支持仿射间隙,将回溯图固定到最佳的起始或结束节点,以及全长对齐的优点,可通过在附近的少量错配来阻止软剪辑的产生。读取结束。 通过使用gssw.h中描述的基本方法构造图形,您可以将读图与该图对齐,并获得由图“雪茄”组成的图映射,该“雪茄”描述了跨图中节点的读取的最佳对齐方式以及图的起始位置。第一个节点上的对齐方式。 节点包含(char*)的指针,可用于链接到任意元数据。 引文 如果在工作过程中
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gssw-master.zip (25个子文件)
gssw-master
.gitignore 25B
Makefile 1KB
src
ssw_cpp.cpp 11KB
ssw_cpp.h 8KB
example.cpp 2KB
simde
example.c 6KB
gssw.h 40KB
example_adj.c 7KB
main.c 17KB
kseq.h 8KB
gssw.c 263KB
gssw_test.c 18KB
.travis.yml 38B
.gitmodules 90B
README.md 4KB
demo
54mer_hap1_1.100.fa 9KB
1k.fa 1021B
10k.fa 10KB
1M.fa 977KB
54mer_hap1_1.100.fastq 14KB
test.seq 103B
ref.fa 10.6MB
10M.fa 9.54MB
100k.fa 98KB
CMakeLists.txt 1KB
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