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psi:泛基因组种子指数
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2021-04-10
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PSI-泛基因组种子指数 这是在以下方法中引入的方法的实现: Ghaffaari,A。&马绍尔,使用混合指数生物信息学,2019年,35,T。综敏感种子发现在序列图表I81-I89 如何安装 依存关系 最低要求 PSI使用C ++ 17中引入的许多功能。 为了使用它,您首先需要一个符合C ++ 17的编译器。 已针对以下编译器进行了测试: 编译器 版本 海湾合作委员会 8.3、9.2、10.2.0 PSI是仅标头的库。 但是,它取决于一些外部库的工作: CMake> = 3.10 Zlib BZip2 捆绑依赖 PSI捆绑了更多的依赖项。 即PSI可以为您安装它们。 如果希望PSI这样做,请在运行cmake时指定-DUSE_BUNDLED_ALL=on (稍后说明)。 这些依赖项是: SeqAn 2.4.0版 GUM版本0.1.1 kseq ++,版本0.2.3 Pair
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psi:泛基因组种子指数 (117个子文件)
20-mers 99KB
x.bam.bai 96B
x.bam 62KB
external.cmake 3KB
CheckGitRevision.cmake 1KB
SeqAnTarget.cmake 509B
BuildDoxygen.cmake 502B
test_path.cpp 90KB
test_sequence.cpp 51KB
test_fmindex.cpp 44KB
test_utils.cpp 28KB
psikt.cpp 20KB
test_crsmatrix.cpp 18KB
ggsim.cpp 16KB
test_graphiter.cpp 14KB
test_seedfinder.cpp 13KB
test_indexiter.cpp 12KB
test_pathindex.cpp 11KB
test_graph.cpp 9KB
pindexctl.cpp 9KB
dindexctl.cpp 8KB
linear.cpp 8KB
loci_stats.cpp 5KB
test_pathset.cpp 5KB
test_traverser.cpp 4KB
test_stats.cpp 3KB
count_kmers.cpp 3KB
test_main.cpp 805B
vg_uml.dia 4KB
Doxyfile 108KB
.dir-locals.el 135B
x.fa 1017B
tiny.fa 54B
sequence.fasta.fai 25B
x.fa.fai 15B
tiny.fa.fai 13B
sequence.fasta 7KB
reads_n10000l100e0i0.fastq 2.04MB
x.fa_2.fastq 227KB
x.fa_1.fastq 227KB
reads_n10l10e0i0.fastq 310B
m.gfa 330KB
multi.gfa 12KB
x.gfa 12KB
tiny.gfa 715B
.gitignore 613B
.gitmodules 648B
variants.vcf.gz 7KB
x.vcf.gz 967B
tiny.vcf.gz 528B
variants.vcf.gz.gzi 8B
sequence.hpp 64KB
seed_finder.hpp 58KB
path_base.hpp 43KB
path_interface.hpp 37KB
utils.hpp 36KB
fmindex.hpp 35KB
index_iter.hpp 35KB
graph_iter.hpp 35KB
crs_matrix.hpp 26KB
pathindex.hpp 23KB
graph.hpp 17KB
stats.hpp 16KB
traverser_base.hpp 15KB
pathset.hpp 13KB
ggsim.hpp 12KB
traverser_dfs.hpp 6KB
traverser_bfs.hpp 6KB
logger.hpp 4KB
index.hpp 3KB
options.hpp 3KB
release.hpp 2KB
traverser.hpp 1KB
seed.hpp 1KB
test_base.hpp 973B
base.hpp 920B
path.hpp 689B
config.hpp.in 969B
test_config.hpp.in 768B
psi-config.cmake.in 562B
psi.pc.in 280B
LICENSE 3KB
LICENSE 1KB
README.md 3KB
plot_kmerquery.R 4KB
plot_pindextime.R 4KB
plot_perfperocc.R 4KB
plot_locino.R 3KB
plot_pindexsize.R 3KB
plot_sensitivity.R 3KB
plot_ttimeperlocus.R 2KB
plot_ttime.R 2KB
plot_ptime.R 2KB
plot_occhist.R 2KB
plot_ksnpshist.R 2KB
plot_seedhits.R 2KB
plot_ptimepc.R 2KB
plot_ttimepc.R 2KB
plot_pairs.R 2KB
reads_n10000l100e0i0.seq 986KB
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