机动包装
MotEvo文件的简单Python解析器。
要安装,请运行:
pip install motevowrapper
MotEvo
(Arnold等人,2012)是一种贝叶斯概率模型,用于预测给定位置权重矩阵(PWM)和DNA序列的转录因子结合位点(TFBS)。 它是由Biozentrum(瑞士巴塞尔大学)的van Nimwegen实验室开发的,可以在。
该存储库包含一个简单的Python软件包的源代码,该软件包可让您:
使用给定参数运行MotEvo
解析MotEvo输出文件
可视化每个图案的站点密度
从MotevoWrapper运行MotEvo
去做
从MotevoWrapper解析MotEvo文件
MotEvo产生2个文件: sites和priors文件。 包的用法很简单。 对于存储在/path/to/sites_MOTIF.wm的给定MotEvo网站文件,请调用