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recNW:快速递归成对比对器,用于靶向测序
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2021-05-01
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RecNW:递归Needleman-Wunsch对准器 RecNW是用C ++编写并使用Cython编译的Python软件包,可以用作Python命令行工具或Python函数。 该存储库包含Alexandre Yahi,Tuuli Lappalainen,Pejman Mohammadi +和Nicholas P Tatonetti + ( +共同资深作者)撰写的论文。 RecNW对于分析目标序列数据特别有用,在该序列中,读数需要与特定参考序列进行比对。 RecNW通过以下方式利用读取的相似性:1 /对读取进行重复数据删除并仅对齐唯一的读取,2 /对读取进行排序并递归重用对齐矩阵的块,以加快计算速度。 快速开始 主要依赖项: Cython 。 示例代码和命令行工具是为Python 2.7编写的。 要安装RecNW并为您的计算机编译它(Linux / Mac): git clone g
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recNW-master.zip (12个子文件)
recNW-master
data
sim_sample_1.fastq.gz 392KB
ACCS.fasta 166B
sim_sample_2.fastq.gz 558KB
sim_sample_3.fastq.gz 385KB
recnw.py 3KB
LICENSE 11KB
cython_recnw
setup.py 484B
recnw_cython.pyx 8KB
recnw_cython.cpp 483KB
recnw.cpp 23KB
recnw.h 954B
README.md 9KB
共 12 条
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行者无疆0622
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