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pipeline:共识大会和等位基因解释流程
共100个文件
txt:36个
gz:12个
cfg:8个
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2021-05-22
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管道 这是一个典型的管道。 可以在github页面上的Wiki中找到有关此工作原理,为什么工作的更多详细信息。 描述 splitter是主脚本,它可以确定要处理的文件,并将工作负载划分为机器上每个核心的一个文件。 然后,在每个这些文件上启动process_fastq。 请注意,划分工作负载并不是特别聪明。 如果有100个文件和4个核心,则无论样本大小如何,您将获得4个文件,每个文件25行。 不过,有些并行总比没有好,对吗? 使用管道 将存储库克隆到您的工作目录 编辑splitter.bash以包括管道注释副本的正确路径-除非您设置此值,否则splitter.bash将不会运行。 确保您的数据采用splitter和process_fastq期望的格式: 所有要处理的数据文件必须为fastq格式,文件名以.fastq或.fq结尾 您的数据目录必须在名为raw /的子目录中具有所有fastq
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pipeline:共识大会和等位基因解释流程 (100个子文件)
splitter.bash 8KB
process_fastq.bash 6KB
generate_reads.bash 5KB
prep_data_dir.bash 2KB
interpret.bash 2KB
build.bash 57B
kir-2dl1.gene.bed 450B
hla-c.ars.bed 50B
hla-a.ars.bed 50B
hla-b.ars.bed 50B
hla-dqb1.ars.bed 25B
hla-drb1.ars.bed 25B
dom_results-5.18-uuid.cfg 3KB
dom_results-5.16-uuid.cfg 3KB
dom_results-5.18.cfg 3KB
dom_results-5.16.cfg 3KB
dom_qc-5.16.cfg 2KB
dom_qc-5.18.cfg 2KB
dom_experiment-uuid.cfg 495B
dom_experiment.cfg 297B
smoke-test.conf 731B
bootstrap.min.css 111KB
jquery-ui.min.css 29KB
theme.bootstrap.css 5KB
dashboard.css 2KB
.gitignore 97B
HLA00664_R1.fq.gz 5.6MB
HLA00664_R2.fq.gz 5.52MB
HLA00622_R1.fq.gz 3.67MB
HLA00622_R2.fq.gz 3.61MB
HLA00001_R1.fq.gz 1.58MB
HLA00001_R2.fq.gz 1.53MB
HLA00401_R1.fq.gz 1.51MB
HLA00132_R1.fq.gz 1.51MB
HLA00401_R2.fq.gz 1.46MB
HLA00132_R2.fq.gz 1.43MB
ex0_observed.gz 1KB
ex1_observed.gz 1KB
Test1.A.0.html 613KB
bethematch.jpeg 3KB
jquery-ui.min.js 234KB
Chart.js 107KB
jquery-latest.min.js 94KB
docs.min.js 42KB
main.js 4KB
LICENSE 7KB
README.md 5KB
CONTRIBUTING.md 2KB
ngs-imgt-db 9KB
ngs-validation-report 56KB
Makefile.PL 2KB
html.pm 110KB
03-blast.t 20KB
01-txt.t 20KB
04-gz.t 20KB
02-hml.t 20KB
05-uuid.t 12KB
ex0_observed.txt 13KB
676cce41-1511-48e0-aa40-4a480d0a7198_observed.txt 13KB
ex1_observed.txt 13KB
ex1_observed.txt 13KB
0cbdf011-79d7-4a36-897e-4fa4c17ec43c_observed.txt 13KB
ex0_observed.txt 13KB
ex0_sbt_expected.txt 2KB
ex1_ngsp_expected.txt 2KB
ex0_ngsp_expected.txt 2KB
ex1_sbt_expected.txt 2KB
ex0_ngsp_expected.txt 2KB
ex1_sbt_expected.txt 2KB
ex1_ngsp_expected.txt 2KB
ex0_sbt_expected.txt 2KB
HEADER.txt 945B
expected.txt 731B
ex1_ngsp_validated.txt 483B
0cbdf011-79d7-4a36-897e-4fa4c17ec43c_ngsp_validated.txt 483B
ex0_sbt_validated.txt 483B
ex0_ngsp_validated.txt 483B
ex0_sbt_validated.txt 483B
ex1_sbt_validated.txt 483B
ex1_sbt_validated.txt 483B
ex1_sbt_validated.txt 483B
ex1_ngsp_validated.txt 483B
ex0_ngsp_validated.txt 483B
ex0_ngsp_validated.txt 483B
ex0_sbt_validated.txt 483B
ex1_ngsp_validated.txt 483B
676cce41-1511-48e0-aa40-4a480d0a7198_ngsp_validated.txt 483B
kir-2dl1.gene.txt 451B
hla-b.ars.txt 62B
hla-c.ars.txt 50B
hla-a.ars.txt 50B
hla-dqb1.ars.txt 25B
hla-drb1.ars.txt 25B
ex0_sbt_expected.xml 96KB
ex1_sbt_expected.xml 96KB
ex0_ngsp_expected.xml 96KB
0cbdf011-79d7-4a36-897e-4fa4c17ec43c.xml 96KB
ex1_ngsp_expected.xml 96KB
676cce41-1511-48e0-aa40-4a480d0a7198.xml 96KB
.travis.yml 22B
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凯然
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