Allelome.PRO:定义等位基因特定基因组特征的管道-开源

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从高通量测序数据中检测等位基因偏倚需要一种使灵敏度最大化同时使假阳性率最小化的方法。 在这里,我们介绍Allelome.PRO,这是一条自动化的用户友好型生物信息学流水线,它使用来自两个遗传上不同的小鼠品系的倒数杂交的高通量测序数据来检测等位基因特异性表达和染色质修饰。 Allelome.PRO扩展了以前研究中使用的方法,该方法通过将给定细胞类型中所有基因的等位基因表达自动分类为印迹,菌株偏倚的双等位基因或非信息性,专门分析了印迹表达,从而提供“等位基因”的完整图片。 Allelome.PRO提供了更高的灵敏度来分析低表达的转录本,以及根据测序数据的变化凭经验计算出的强大的错误发现率。

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