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dip-c:分析Dip-C(或其他3CHi-C)数据的工具
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浸入式 目录 基本要求 其他要求 典型工作流程 独立工作流程(旧) 联系人的交互式可视化 3D基因组的交互式可视化 入门:染色体着色 将核扩展为单独的染色体 按CpG频率上色 处理单倍体细胞 接触矩阵的生成 介绍 二倍体Çhromatin构象捕获(DIP-C)通过插补由每个基因组接触连接的两个单倍型的染色体重建从单细胞3D二倍体基因组。 Hickit中包含了Dip-C算法的另一种实现方式(更快,更谨慎)。 引文 原纸(人类血液) 请引用原始的Dip-C论文,其中描述了Dip-C的方法和算法。 这项工作研究了人类B淋巴母细胞系(LCL; GM12878 ),外周血单核细胞(PBMC)和小鼠胚胎干细胞(mESCs;来自先前研究的原始数据): tanh龙芝*; 邢东*; 张志涵李恒Xie,X.Sunney,“单二倍体人类细胞的三维基因组结构”,《科学》第43卷,第924-928页。
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dip-c:分析Dip-C(或其他3CHi-C)数据的工具 (181个子文件)
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