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paper-helper-ramesh-2017:从10.3389fimmu.2017.01407收集的序列和元数据
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2021-03-31
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Ramesh 2017的数据收集 用于将GenBank沉积的抗体序列和注释与纸张提供的信息(请参见下文)合并到单个CSV表和FASTA中的脚本,用于尽可能多的等位基因。 有关最终输出,请参见和 (此处所有其他都是实现细节)。 CSV文件包含适用于基因组,CDS和AA序列的单独列,而FASTA文件包含CDS序列。 注意:CSV文件仍然缺少一些信息,并且与我在此处无法解决的论文相比,显示出一些小的不一致之处。 如果发现任何问题,我将在此处进行更新以解决这些问题。 Ramesh A,Darko S,Hua A,Overman G,Ransier A,Francica JR,Trama,Tomaras GD,Haynes BF,Douek DC和Kepler TB(2017)恒河猴猕猴免疫球蛋白基因座的结构和多样性(来自多个De Novo基因组大会)。 。 正面。 免疫8:1407。 doi:
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paper-helper-ramesh-2017-master.zip (23个子文件)
paper-helper-ramesh-2017-master
.gitmodules 0B
output
alleles.csv 854KB
alleles.fasta 201KB
scripts
analysis.R 13KB
download_genbank.py 970B
merge_everything.R 461B
csv_to_fasta.py 782B
scrap.R 4KB
convert_gbf.py 4KB
environment.yml 137B
README.md 1KB
Snakefile 3KB
.gitignore 36B
from-paper
suppsheet1.csv 1KB
fig5.csv 917B
suppsheet3.csv 138B
fig3.csv 2KB
suppsheet2.csv 315B
fig1.csv 2KB
fig6.csv 659B
fig2.csv 3KB
fig4.csv 1KB
accessions.txt 4KB
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SouravGoswami
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