NAMD-replica:NAMD 的副本交换工具

NAMD-副本 用 Tcl 脚本编写的 NAMD 副本交换驱动程序。 使用这些文件，可以使用二维交换方案执行温度和哈密顿量交换，例如，一个轴上的伞形偏差和另一个轴上的哈密顿量。 除了典型的相邻交换方案外，还实现了部分无限交换 (PINS) 算法。 这些是以下论文中使用的文件： 使用组合温度和哈密顿副本交换分子动力学有效确定相对熵，JCTC (2015)， //dx.doi.org/10.1021/ct501034w