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self-assembling-manifold:自组装歧管(SAM)算法
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2021-05-19
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自组装歧管-SAM版本0.8.5 自组装歧管(SAM)算法。 SAM现在在Scanpy上! import scanpy as sc import scanpy.external as sce #returns the SAM object if `inplace=True` and (SAM,AnnData) otherwise sam = sce.tl.sam(adata, inplace=True) #adata is your AnnData object 要求 numpy scipy pandas scikit-learn umap-learn numba anndata 可选依赖项 交互式GUI(Jupyter笔记本) plotly==4.0.0 ipythonwidgets jupyter colorlover ipyevents 情节 mat
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self-assembling-manifold-master.zip (36个子文件)
self-assembling-manifold-master
setup.py 1KB
.travis.yml 420B
.travis_before_install.sh 362B
sc_schisto_review_data
download_links.txt 314B
LICENSE.txt 1KB
Docker
Dockerfile 2KB
build_image.sh 149B
run_image.sh 372B
README.md 6KB
samgui.png 89KB
example_data
schisto3.5_tpm.csv.gz 6.66MB
schisto2.5_tpm.csv.gz 7.27MB
darmanis_ann.csv 14KB
darmanis_data.csv.gz 3.28MB
tutorial
.ipynb_checkpoints
basic_tutorial-checkpoint.ipynb 104KB
SAM_Batch
.ipynb_checkpoints
schisto_batch_correction-checkpoint.ipynb 614KB
macrophage_analysis-checkpoint.ipynb 508KB
schisto_batch_correction.ipynb 614KB
macrophage_analysis.ipynb 508KB
SAM_Structure
.ipynb_checkpoints
SAM_attributes-checkpoint.ipynb 47KB
SAM_attributes.ipynb 47KB
SAM_Plotting
.ipynb_checkpoints
plotting_tutorial-checkpoint.ipynb 319KB
plotting_tutorial.ipynb 319KB
quickstart_guide.ipynb 34KB
SAM_Functions
.ipynb_checkpoints
function_details-checkpoint.ipynb 74KB
function_details.ipynb 74KB
SAM_IO
saving_loading_data.ipynb 12KB
.ipynb_checkpoints
saving_loading_data-checkpoint.ipynb 12KB
SAM_Parameters
.ipynb_checkpoints
parameter_exploration-checkpoint.ipynb 333KB
parameter_exploration.ipynb 333KB
samalg
utilities.py 11KB
__init__.py 64KB
gui.py 71KB
.travis_install.sh 621B
test
test_sam.py 622B
.travis_test.sh 369B
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