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TDA-tutorial:一组使用python Gudhi库以及流行的机器学习和数据科学库来实践TDA的jupyter笔记本
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2021-05-07
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使用Gudhi库进行拓扑数据分析的教程 拓扑数据分析(TDA)是一个新兴且发展Swift的领域,它提供了一组新的拓扑和几何工具来推断可能复杂数据的相关特征。 在这里,我们使用Python Gudhi库以及流行的机器学习库和数据科学库为TDA的实践提出了一套笔记本。 例如,请参阅了解有关数据科学的TDA的介绍。 笔记本的完整列表也可以在此页的末尾找到。 安装Python Gudhi库 请参阅或者如果您有conda,则可以进行。 TDA分析管道 01-单纯形树和简单组合 TDA通常旨在从网络中的点云中提取拓扑特征。 或在一般指标空间中。 通过研究点云的拓扑,我们实际上意味着研究以点云为中心的球的并集的拓扑,也称为偏移。 但是,非离散集(例如偏移量)以及连续的数学形状(如曲线,曲面和更一般的流形)不能轻易地编码为有限的离散结构。 因此,在计算几何中使用形来近似这样的形状。 单纯形复数是一组,它
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TDA-tutorial-master.zip (58个子文件)
TDA-tutorial-master
Tuto-GUDHI-simplicial-complexes-from-distance-matrix.ipynb 51KB
Tuto-GUDHI-optimization.ipynb 182KB
Tuto-GUDHI-Expected-persistence-diagrams.ipynb 47KB
Tuto-GUDHI-Barycenters-of-persistence-diagrams.ipynb 93KB
README.Rmd 10KB
Images
nappe_distance_avec_bruit.png 31KB
MatchingDiag.png 275KB
symbole_infini.png 7KB
sous_niveau_kPDTM_cov2.png 68KB
CodeCogsEqnRp.gif 204B
nappe_distance_sans_bruit.png 54KB
persistence.png 612KB
pers.png 597KB
nappe_dtm_avec_bruit.png 25KB
sous_niveau_kPDTM2.png 46KB
sublevf.png 12KB
Pers14.PNG 14KB
.binder
requirements.txt 114B
Tuto-GUDHI-kPDTM-kPLM.ipynb 311KB
.github
workflows
test_notebooks.yml 761B
Tuto-GUDHI-representations.ipynb 151KB
Tuto-GUDHI-simplex-Trees.ipynb 14KB
persistence_statistics.py 3KB
LICENSE 1KB
Tuto-GUDHI-ConfRegions-PersDiag-datapoints.ipynb 90KB
Tuto-GUDHI-extended-persistence.ipynb 428KB
Tuto-GUDHI-cubical-complexes.ipynb 66KB
Tuto-GUDHI-alpha-complex-visualization.ipynb 3.6MB
.gitignore 41B
Tuto-GUDHI-persistence-diagrams.ipynb 68KB
DTM_filtrations.py 11KB
Tuto-GUDHI-simplicial-complexes-from-data-points.ipynb 61KB
README.md 11KB
Tuto-GUDHI-PyTorch-optimization.ipynb 271KB
datasets
trefoil_dist 7.63MB
human.off 556KB
Corr_ProteinBinding
4mbp.corr_7.txt 2.09MB
1ez9.corr_1.txt 2.09MB
1omp.corr_7.txt 2.09MB
1lls.corr_6.txt 2.09MB
1mpd.corr_4.txt 2.09MB
1fqd.corr_3.txt 2.09MB
1fqb.corr_3.txt 2.09MB
1fqc.corr_2.txt 2.09MB
1anf.corr_1.txt 2.09MB
1fqa.corr_2.txt 2.09MB
1jw4.corr_4.txt 2.09MB
1jw5.corr_5.txt 2.09MB
3hpi.corr_5.txt 2.09MB
3mbp.corr_6.txt 2.09MB
mnist_test.csv 17.44MB
NoisyTrefoil180.txt 9KB
crater_tuto 118KB
ElongatedTorus.txt 98KB
human.txt 438KB
tore3D_1307.off 36KB
data_acc 1.39MB
Tuto-GUDHI-DTM-filtrations.ipynb 468KB
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dongyuwu
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