MutationAnalysisPipeline:用于序列分析和突变注释的自动化管道

突变分析管道 用于下一代序列分析和突变注释的自动化管道。 安装 要安装最新版本的MutationAnalysisPipeline，只需执行以下操作： git clone 依存关系 管道需要以下安装才能工作： BWA（ ） Picardtools（ ） Samtools（ ） Bcftools（ ） Annovar（ ） 描述 该管道可以自动处理下一代序列数据，从将fastq映射到参考文件再到功能注释。 管道可以将以下之一作为输入： 配对的末端fastq文件用于未映射的基因组 映射基因组的sam文件 映射基因组的bam文件 通过samtools生成的VCF文件 输入文件应放在“输入”目录中，其基因组应在“ genome_list.txt”文件中指定。 只要文件存在于“输入”目录中并且基因组名称存在于“ genome_list.txt”中，此管道就可以批处理来自不同基