读取映射
该项目的目标是实现读取映射问题的算法,其定义如下:给定长度为 N 的参考基因组序列 G 和一组 m 个序列(称为“读取”),识别基因组位点以每个读取最好的对齐。
建造
获得源代码后,请确保可以使用 gcc(最低版本为 4.4)构建 c+11 代码。 满足此要求后,在项目根目录中执行以下操作:
make clean
make
用法
该程序将两个 .fasta 文件作为输入,一个包含单个参考基因组,另一个包含多个读取序列。 要运行程序并将读数映射到参考基因组,请在项目根目录中执行以下操作:
./ReadMapper reference_genome.fasta reads_to_map.fasta
程序会在读取映射输出结束时输出一些性能统计信息。
执照
麻省理工学院
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